Des chercheurs de l’Institut Pasteur proposent une approche inspirée de la biologie évolutive pour déterminer plus précisément le point de départ de potentielles épidémies bactériennes.
Définir les agents pathogènes à l’origine d’une épidémie peut s’avérer compliqué. Entre chaque génération, chaque pathogène peut être sujet à des mutations, et il peut être rapidement difficile de définir l’ascendance commune d’un groupe de souches.
Pour pallier ces incertitudes, des chercheurs de l’Institut Pasteur ont exploité des outils habituellement utilisés en biologie évolutive. « Grâce à notre modèle mathématique qui simule l’évolution d’une bactérie pathogène dont l’origine est unique et définie, nous fournissons la possibilité d'estimer la durée des épidémies en nous basant sur les données génétiques issues des pathogènes prélevés sur le terrain », rapporte Sylvain Brisse, directeur de l’unité Biodiversité et épidémiologie des bactéries pathogènes de l’Institut Pasteur.
En modélisant le taux de mutations d’un agent pathogène en fonction du temps, il devient possible de replacer un spécimen du même pathogène dans la chronologie de l’épidémie. In fine, ce travail de modélisation et de comparaison peut permettre de remonter jusqu’à la souche à l’origine de l’épidémie, et donc d’endiguer efficacement cette dernière.
Jusqu’à présent, il était d’usage d’estimer arbitrairement un taux de mutations au-delà duquel une souche d’un certain pathogène est considérée comme n’ayant aucun lien avec une autre. Grâce à ce nouveau modèle, il est désormais possible de réduire ces incertitudes. « Ceci devrait s'avérer utile pour fournir une fenêtre temporelle crédible pour les enquêtes épidémiologiques visant à identifier et éliminer les sources de contamination », affirme Lulla Opatowski, chercheuse dans l’unité Epidémiologie et modélisation de la résistance aux antimicrobiens de l’Institut Pasteur.
Cette étude entre dans le cadre de l’axe scientifique prioritaire Maladies infectieuses émergentes du plan stratégique 2019-2023 de l’Institut Pasteur.
Source
Defining genomic epidemiology thresholds for common-source bacterial outbreaks: a modelling study - The Lancet Microbe
Published:March 29, 2023. DOI:https://doi.org/10.1016/S2666-5247(22)00380-9
Audrey Duval1, Lulla Opatowski2, Sylvain Brisse3
- Epidemiology and Modelling of Bacterial Escape to Antimicrobials Laboratory, Institut Pasteur, Université Paris Cité, Paris, France
- Anti-infective Evasion and Pharmacoepidemiology Team, CESP, Université Paris-Saclay, UVSQ, INSERM U1018, Montigny-le-Bretonneux, France
- Institut Pasteur, Université Paris Cité, Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, Paris, France
