AFROSCREEN : un réseau efficace pour la surveillance génomique en Afrique subsaharienne lors d’épidémies

Trois ans après son lancement, AFROSCREEN remplit tous ses objectifs en développant une surveillance génomique efficace pour faire face aux épidémies en Afrique subsaharienne

Les acteurs du projet AFROSCREEN, financé à hauteur de 10 M€ par l’Agence française de développement (AFD), œuvrent depuis 2021 à la mise en place ou le renforcement de plateformes de séquençage et la constitution d’un réseau opérationnel de surveillance des pathogènes émergents en Afrique de l’Ouest, Centrale et à Madagascar. Fort de 25 partenaires dans 13 pays d'Afrique subsaharienne, AFROSCREEN permet d’améliorer la détection, la caractérisation et la surveillance génomique des agents pathogènes émergents pour la préparation et la réponse aux épidémies. Le projet AFROSCREEN, coordonné par l’ANRS Maladies infectieuses émergentes, agence autonome de l’Inserm, dans le cadre d’un consortium avec l’Institut Pasteur et l’Institut de recherche pour le développement (IRD), a été lancé en juillet 2021 pour riposter à l’épidémie de Covid-19.

Les résultats seront présentés lors du colloque régional AFROSCREEN les 29 et 30 mai 2024 à Dakar au Sénégal en présence de l’ensemble des partenaires scientifiques, techniques et financiers, ainsi que du CDC Afrique et de l’OMS.

Le séquençage génomique, un outil de santé publique

Le séquençage génomique constitue aujourd’hui un outil de santé publique essentiel pour détecter et suivre les agents pathogènes infectieux à potentiel épidémique. Une meilleure compréhension du génome des pathogènes et de leur évolution génétique permet d’aiguiller la production de tests diagnostiques, de médicaments et de vaccins conduisant à un meilleur contrôle des épidémies à l’échelle locale comme au niveau international.

La pandémie de Covid-19 a mis en exergue les disparités entre les continents en termes de dispositifs de surveillance et de séquençage. Fin octobre 2021, sur les 4,6 millions de séquences partagées sur l’outil public et gratuit GISAID au niveau mondial, seules 49 000 provenaient du continent africain, représentant moins de 1 % des cas de Covid-19 diagnostiqués sur ce continent.

Fort de ce constat, AFROSCREEN a été conçu pour améliorer les activités de préparation et de réponse au niveau régional, accompagner les décideurs dans la définition des priorités de santé publique de chacun des pays partenaires et produire des données pour alimenter l’effort international en santé publique.

Colloque régional AFROSCREEN: bilan et perspectives du réseau de surveillance génomique en Afrique

Les 29 et 30 mai 2024 a lieu à Dakar au Sénégal le « Colloque régional AFROSCREEN : un réseau de surveillance génomique des pathogènes émergents ». À cette occasion se réunissent partenaires, représentants du CDC Afrique et de l’OMS, autorités sanitaires des pays concernés et bailleurs de fonds internationaux. L’objectif de ce colloque est de faire le bilan des acquis scientifiques et techniques du projet et de discuter des perspectives futures permettant de capitaliser sur ce réseau.

Trois ans après son lancement, le projet AFROSCREEN a permis de :

• améliorer les capacités de détection et de séquençage du SARS-CoV-2 des 21 laboratoires du réseau en fournissant des équipements (séquenceurs, réactifs, matériel de laboratoire). Le renforcement des capacités des laboratoires a ainsi contribué à l'augmentation du nombre de séquences déposées sur GISAID par les pays (environ 10 000 séquences déposées) ;
   
• former plus de 150 personnes en charge du séquençage, de l’analyse et du partage des données, parmi lesquelles des biologistes, techniciens, data managers, bio-informaticiens et personnels en charge de la surveillance et des investigations épidémiologiques ;
   
• créer et animer le réseau des laboratoires partenaires d’AFROSCREEN composé de 25 partenaires répartis dans 13 pays d’Afrique ;
   
• mettre en place, réactiver ou soutenir 77 sites sentinelles dans 11 pays pour la réalisation d’enquêtes épidémiologiques et de collectes d’échantillons ainsi que pour la surveillance du SARS-CoV-2 et de ses variants.
   

Ce réseau est désormais mobilisable rapidement en cas d’émergence ou de réémergence de pathogènes à fort potentiel épidémique au-delà du SARS-CoV-2 : grippe, Mpox, dengue, Lassa, chikungunya, Marburg, etc.

Pour en savoir plus et découvrir pays par pays les initiatives mises en place, vous pouvez consulter le site internet du projet AFROSCREEN : AFROSCREEN : Renforcement des capacités de séquençage en Afrique