Envoyer un échantillon au CNR des Bactéries anaérobies et botulisme

La fiche de renseignements doit accompagner chaque souche ou prélèvement et être remplie aussi complètement et aussi précisément que possible. 

RECOMMANDATIONS POUR LE PRÉLÈVEMENT

Dans quels cas doit-on rechercher une bactérie anaérobie ? 

Dans toutes infections proches d’une muqueuse, les hémocultures, les suppurations fermées, les infections secondaires à des blessures ou traumatismes accidentels.
Par contre, il est inutile de rechercher des anaérobies dans les sites où ces bactéries font partie de la flore normale : voies respiratoires supérieures, appareil génito-urinaire (sauf dans certains contextes cliniques tel que recherche d’Actinomyces), flore intestinale à l’exception de quelques Clostridium.

Comment prélever et traiter un prélèvement pour recherche d’anaérobies ? 

Le prélèvement doit être effectué de façon à éliminer tout risque de contamination par la flore commensale. En particulier lors d’infections près d’une muqueuse. Il doit être maintenu en permanence à l’abri de l’air, et être mis en culture le plus rapidement possible. Le temps de transport au laboratoire devra donc être réduit au maximum.
Les meilleurs prélèvements seront ceux effectués par ponction ou aspiration à l’aide d’une seringue, puis inoculés immédiatement dans un milieu de transport, ou dans un milieu de culture pour anaérobies.
Les prélèvements effectués à l’aide d’écouvillons sont à proscrire, ce type de matériel offrant une trop grande surface de contact avec l’air.
 

Botulisme humain (aide et confirmation au diagnostic) 

•  Sérum pour recherche de toxine botulique circulante :
  Volume minimum de sérum : 10ml [soit un prélèvement sanguin de 4 tubes de 5ml (sur tube sec ou tube gel + activateur de coagulation)]
  Dans l’impossibilité d’effectuer un tel prélèvement, nous prévenir par téléphone au 01 45 68 8310 ou 8456.
   
• Selles : (prélèvement de quelques grammes dans un pot à coproculture) pour recherche de toxine botulique et de Clostridium neurotoxinogène. Examen à effectuer chez les nouveau-nés et dans les cas chroniques chez l’adulte.
   
• Aliment suspect : (prélever quelques grammes dans un récipient hermétique (type pot à coproculture)).

    La fiche de renseignements doit être correctement remplie.

Botulisme animal (expertises)

Cas général : sérum d’animal malade ou mort récemment.

• Prélèvement de 20 ml de sang sur tube sec, il est préférable de séparer le sérum du caillot par centrifugation après coagulation.
• Volume de sérum nécessaire : 10 ml (minimum 3 ml). Il est possible de réunir le sérum de 2-3 animaux.

Contenu intestinal d’animal euthanasié ou mort récemment (maximum 6 h) :

• A l’autopsie, sélectionner au niveau de l’intestin grêle une anse intestinale congestionnée ou ayant un contenu liquide.
• Après incision de l’anse, prélever environ 10 ml de contenu intestinal et les disposer dans un pot à coproculture.

Aliments : Transférer environ 25 à 50 g dans un pot à coproculture.

Botulisme aviaire : Pour le diagnostic du botulisme aviaire, le CNR recherche la toxine botulique de préférence dans les sérums. Pour l’examen d’autres organes (contenus intestinaux) nous consulter au préalable.

La fiche de renseignements doit être correctement remplie.

Expertise des souches de Clostridium difficile et détection du clone épidémique de PCR-ribotype 027 

Fiche de renseignements cliniques

Milieux pour l’isolement des souches

• Milieux sélectifs prêts à l’emploi :

Les différents milieux sélectifs commercialisés pour l’isolement de C. difficile dérivent tous du milieu CCFA (cyclosérine-cefoxitine-fructose agar) décrit par George et al. (J. Clin. Microbiol. 1979 ; 9 (2) :214 - 219).
Gélose CLO: (BioMérieux).
Clostridium difficile Selective Agar (CDSA) : (BBL)
ChromID C. difficile Medium (bioMérieux)

• Milieux non sélectifs prêts à l’emploi :

Gélose Schaedler + 5% de sang de mouton (BioMérieux)
Gélose Columbia + 5% sang de mouton (BioMérieux)

• Milieux en poudre :

Base Columbia (BioMérieux
Milieu pour Clostridium difficile + suppléments (Oxoid)
Quel que soit le milieu utilisé, il est recommandé d’ajouter de la cyclosérine à raison de 200 µg /mL.
Incuber en anaérobiose 24 à 48h.

CONDITIONS PRÉANALYTIQUE

La souche doit être fraîchement ensemencée
Alternative : il est possible d’utiliser des géloses profondes (type VF). Mais celles-ci sont déconseillées pour les souches très gazogènes (C. perfringens).
Sont à proscrire le transport sur écouvillon et d’une façon générale tout milieu permettant un contact avec l’air. 
Le CNR n’accepte pas de produits pathologiques. (Pour les prélèvements vétérinaires, consulter au préalable).

ENVOI DU MATÉRIEL BIOLOGIQUE

N.B. : Eviter un envoi en fin de semaine risquant un retard d’acheminement et une rupture de réfrigération. Les prélèvements peuvent être stockés 3 à 4 jours à + 4°C avant envoi.

Tous les prélèvements et souches à analyser (à l’exception de Clostridium difficile) sont à adresser au CNR des Bactéries Anaérobies et botulisme à l’adresse suivante :

Centre national de référence des Bactéries Anaérobies et botulisme
Institut Pasteur 25-28 rue du Docteur Roux 75724 Paris Cedex 15 France
Téléphone du CNR : 33 (0)1 53 55 12 91 / 33 (0)1 45 68 83 10
Télécopie du CNR : 33 (0)1 40 61 31 23
cnranaerobies@pasteur.fr

Laboratoire Clostridium difficile

Associé au Centre National de Référence
des bactéries anaérobies et du botulisme
Hôpital Saint-Antoine
Bâtiment Pierre Masson Porte 8 - 1er étage
34 rue Crozatier
75012 PARIS
Téléphone : +33 (0)1 49 28 30 11/ +33(0)1 71 97 09 86

frederic.barbut@aphp.fr

cecile.gateau@aphp.fr

jeanne.couturier@aphp.fr

> En savoir plus sur l'envoi de matériel biologique

PRESTATION DE CONSEIL, SUGGESTION ET RÉCLAMATION

Contacter le CNR des Bactéries Anaérobies et du botulisme  
Ou le service de Coordination des Centres de référence 

MODALITÉS DE CONSERVATION ET RESTITUTION DES ÉCHANTILLONS BIOLOGIQUES TRAITÉS

Toutes les souches adressées au CNR Bactéries anaérobies et botulisme sont ré-isolées, identifiées et conservées en azote liquide. Après rendu des résultats les tubes de souches isolées initialement reçus sont détruits.

CONFIDENTIALITÉ ET PROTECTION DES INFORMATIONS

Les fichiers informatisés du CNR sont déclarés à la Commission Informatique et Libertés (CNIL) : Loi n°78-17 du 06 janvier 1978.
Voir aussi Organisation des CNR – Confidentialité et protection des informations

CONDITIONS FINANCIÈRES

Le diagnostic biologique du botulisme humain ainsi que l'identification des souches d'origine humaine sont effectués gratuitement à condition que les critères suivants soient remplis :

• Échantillon (sérum, selles, souche isolée...) d’origine humaine
• Fiche d’information remplie.

L'analyse des échantillons d'autres origines (vétérinaire, alimentaire, environnementale) est facturée. Pour plus de renseignements sur cette facturation, contacter le CNR.

​Voir aussi :
Organisation des Centres Nationaux de Référence,
Système du Management de la Qualité des Laboratoires de Référence et d’Expertise

Mis à jour le 05 juillet 2024