Missions du CNR des Bactéries anaérobies et botulisme

Dans le cadre des missions définies par l’arrêté du 7 mars 2017 (fixant les modalités de désignation et les missions des CNR), le CNR des Bactéries anaérobies et botulisme est désigné par le Ministère en charge de la santé et plus particulièrement par la Direction Générale de la Santé (DGS) sur recommandation de Santé Publique France (SPF) pour assurer la surveillance microbiologique des infections à bactéries anaérobies et du botulisme humain.

L’objectif du CNR des Bactéries anaérobies et du botulisme est triple :

• Assister les laboratoires demandeurs et servir de référence technique.
• Informer et alerter les ministères concernés par Santé Publique France en cas de situation nouvelle.
• Acquérir et transmettre aux microbiologistes concernés toute information d’ordre épidémiologique, technique, scientifique ou bibliographique.

Les missions spécifiques du CNR, telles que définies au cahier des charges de l’appel à candidature (SPF juin 2016) sont :

Pour les infections à bactéries anaérobies

1.   Apporter une expertise microbiologique :

• identifier et caractériser les bactéries anaérobies transmises par les laboratoires et typer les éventuelles toxines produites ainsi que les souches de Clostridoides​ difficile,
• déterminer la sensibilité aux antibiotiques des bactéries anaérobies, notamment C. difficile et les Bacteroïdes du groupe fragilis,
• contribuer à l’amélioration du diagnostic microbiologique des infections à C. difficile.

2.   Contribuer à la surveillance épidémiologique, en lien avec l’Institut de Veille Sanitaire :

• contribuer à la surveillance des infections graves à bactéries anaérobies à partir d‘un réseau national de laboratoires hospitaliers,
• contribuer à l’investigation de cas groupés de colites pseudomembraneuses à Clostridoides difficile dans les collectivités,
• contribuer aux réseaux de surveillance internationaux et en particulier européens (ECDC) pour C. difficile.

3.   Contribuer à l’alerte en signalant à l’Agence nationale de Santé publique tout événement inhabituel ou émergeant :

augmentation du nombre de cas, survenue de cas groupés, nouveaux modes de transmission, etc.

Pour le botulisme humain

1.   Apporter une expertise microbiologique :

• confirmer le diagnostic et typer la toxine botulique,
• développer de nouvelles méthodes de mise en évidence et de caractérisation des toxines botuliques,
• collaborer  avec les organismes nationaux compétents dans le domaine du botulisme animal (bovins, oiseaux d’élevage, oiseaux sauvages).

2.   Contribuer à la surveillance épidémiologique du botulisme en France en lien avec l’Agence nationale de Santé publique :

• en transmettant en temps réel les résultats positifs de la recherche de toxines botuliques ou de Clostridium botulinum ou baratii dans des prélèvements cliniques ou alimentaires,
• en suivant les tendances évolutives des différents types de botulisme,
• en participant  à l’investigation des cas (sporadiques ou groupés),
• en collaborant avec les réseaux de surveillance internationaux et en particulier européens.         

3.   Contribuer à l’alerte en signalant à Santé Publique France tout événement inhabituel :

augmentation du nombre de cas, survenue de cas groupés, nouveaux modes de transmission, émergence de certains types de botulisme, etc.

4. Contribuer aux travaux du réseau national des laboratoires Biotox :

• apporter son expertise spécifique au service des instances concernées de santé publique, de défense et de sécurité nationale ;
• contribuer avec les instances chargées de leur pilotage, à l’animation du réseau des laboratoires Biotox ;
• contribuer à la mise en place d’une collection nationale de souches des agents de la menace pour les besoins de la biodéfense.

INTÉRÊT POUR LA SANTÉ PUBLIQUE

Il est indispensable de répertorier de façon constante les bactéries anaérobies les plus fréquemment impliquées dans des pathologies graves : septicémies ; abcès du cerveau ; actinomycoses à anaérobies ; infections post-chirurgicales, suppurations ; gangrènes ; entérites nécrosantes ; affections digestives ; tétanos ; botulisme. 

Les bactéries anaérobies représentent un ensemble de bactéries extrêmement complexes en raison de leur diversité physiologique, métabolique et taxonomique (plus de 400 espèces actuellement recensées). De nombreuses espèces sont à la fois saprophytes des cavités naturelles de l’homme, et pathogènes opportunistes, certaines espèces sont toxinogènes. Hormis les toxi-infections alimentaires et les colites post antibiothérapies pour lesquelles une épidémiologie existe, les pathologies à anaérobies se manifestent le plus souvent sous forme de cas sporadiques. De ce fait, le recours au CNR pour les bactéries anaérobies est une aide précieuse pour les cliniciens et les laboratoires d’analyses polyvalentes pour qui la bactériologie anaérobie apparaît bien souvent comme une technologie difficile et fastidieuse.

Mis à jour le 04 avril 2023