Cette année marque le cinquième anniversaire de la pandémie de Covid-19 qui a été un tournant dans la prise de conscience internationale de l’intérêt d’une surveillance génomique pour identifier les sources circulantes et mieux ajuster les mesures de santé publique. Dans ce contexte, le projet AFROSCREEN, programme de riposte contre la Covid-19 mené dans 13 pays d’Afrique, joue un rôle clé dans la prévention et la gestion des crises sanitaires. Son objectif principal est de renforcer les capacités de certains pays africains à anticiper et gérer les menaces épidémiques grâce au séquençage génomique à virus émergents et ré-émergents. Ce projet ambitieux, financé par l’Agence française de Développement (AFD), a franchi une étape supplémentaire le 24 mars 2025, avec l’octroi d’un financement additionnel accordé par le ministère de l’Europe et des Affaires étrangères (MEAE).
Dans le cadre du Fonds Équipe France (FEF) du MEAE, le projet est coordonné par le consortium des trois institutions françaises piloté par l’ANRS MIE, agence autonome de l’INSERM, et composé de l’Institut de recherche pour le développement, l’Institut Pasteur, et les institutions dans les pays partenaires du projet, notamment l’Institut Pasteur de Dakar et le Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guinée (CERFIG).
Ce financement vise à consolider les acquis du projet initial en garantissant le fonctionnement des plateformes de séquençage installées et en renforçant les compétences des personnels nationaux. Il permet également de s’assurer de la poursuite des investigations d’autres agents infectieux émergents et ré-émergents zoonotiques à potentiel épidémique d’intérêts comme les arbovirus et les virus des fièvres hémorragiques, dont la réponse nécessite souvent des actions multidisciplinaires et multisectorielles. Enfin, ce financement va permettre de continuer la formation du personnel des partenaires nationaux, intégrant des universités des pays partenaires ainsi que des laboratoires vétérinaires, selon l’approche « One Health », dans une dynamique de consolidation du réseau actuel AFROSCREEN et d’élargissement à d’autres expertises.
Ces efforts s’alignent avec les initiatives stratégiques de l’Africa Centres for Disease Control and Prevention (Africa CDC) et de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) pour établir des réseaux de surveillance génomique à l’échelle nationale, régionale et mondiale.
« Le Fonds Équipe France (FEF) est un contributeur financier important dans l’amélioration et le développement de la santé publique en Afrique. En tant que directeur du département de santé publique de l’Institut Pasteur de Dakar (IPD), j’envisage une meilleure préparation et une meilleure réponse aux pandémies en utilisant la stratégie « One Health » à travers les activités du FEF. » Dr Abdourahmane Sow, directeur du Département de la Santé Publique à l’Institut Pasteur de Dakar.
« Cette opportunité offerte à travers le FEF nous permettra de poursuivre les activités de renforcement des capacités de nos laboratoires pour que la surveillance génomique soit une routine dans nos pays. Elle nous permettra également de maintenir le réseau AFROSCREEN qui regroupe déjà plus de 10 pays, de partager nos expériences et renforcer nos expertises. En Guinée particulièrement, le CERFIG poursuivra ses activités de formation en faveur de son équipe de laboratoire mais aussi, il sera chargé de structurer une offre de formation adaptée aux besoins des personnels des autres laboratoires partenaires d'AFROSCREEN, dans une approche « One Health-Une seule Santé ». Nous élargirons aussi la surveillance génomique à d'autres virus prioritaires en Guinée dont le mpox, le Lassa, chez les humains mais aussi dans la faune et les eaux usées ». Dr Abdoulaye Touré, directeur du CERFIG.
AFROSCREEN : un réseau efficace pour la surveillance génomique lors d'épidémies en Afrique subsaharienne
Depuis sa création en 2021, le projet AFROSCREEN a renforcé le séquençage génomique dans 13 pays africains, permettant aux laboratoires de réaliser des séquençages et de partager leurs découvertes avec la communauté scientifique mondiale. A ce jour :
- Le nombre de séquences déposées sur la base de données publiques en accès libre GISAID par les laboratoires appuyés par AFROSCREEN a été multiplié par plus de huit entre le début et la fin du projet, passant de 1 433 en juillet 2021 à 12 390 en août 2024.
Ces initiatives ont permis la détection de nouveaux variants du SARS-CoV-2 et d’autres virus épidémiques (tels que la dengue, mpox, lassa) et une meilleure compréhension de leurs modes de transmission. Ces travaux ont contribué aux alertes sanitaires, notamment la déclaration de l'épidémie de mpox comme une urgence de santé publique de portée continentale par l’Africa CDC, et de portée internationale par l'OMS en août 2024.
En dotant les laboratoires d'outils de pointe et en formant plus de 250 professionnels, le projet a amélioré la capacité génomique régionale, participant à l'autonomie et l’efficacité des pays partenaires du projet AFROSCREEN dans la gestion des épidémies auxquelles ils sont confrontés.
Grâce à ces réalisations, AFROSCREEN a positionné les laboratoires africains comme acteurs clés dans la lutte mondiale contre les menaces sanitaires émergentes.
L’approche « One Health » au cœur des actions du projet AFROSCREEN
L’approche « One Health » connecte santé humaine, animale et environnementale pour mieux prévenir et comprendre les épidémies. n pratique, cette approche se traduit par plusieurs actions concrètes :
- Collaborations intersectorielles : Afin de renforcer la collaboration entre les secteurs de la santé humaine, animale et environnementale selon l’approche « One Health », il est nécessaire, dans un premier temps, d’identifier les acteurs clés dans les disciplines complémentaires (médecine, virologie, sciences vétérinaires, écologie, etc.). Dans un second temps, des ateliers nationaux et des webinaires réguliers réuniront les laboratoires de santé humaine et vétérinaire, facilitant le partage de données, d’expertises et de bonnes pratiques.
- Évaluation et formation : Les partenaires nationaux identifient les besoins des laboratoires et organiseront des formations spécifiques en séquençage génomique intégrant l’approche « One Health ». Ces formations peuvent par exemple inclure l’analyse d’échantillons non- humains provenant de la faune sauvage et domestique, ou environnementaux, par exemple des prélèvements d’eaux usées.
- Soutien opérationnel : Dans la lignée du financement initial d’AFROSCREEN par l’AFD, un soutien logistique et technique aux plateformes de séquençage et aux investigations mixtes de terrain est prévu en cas de besoin. Cela inclut la fourniture d’intrants de laboratoire pour détecter et caractériser une large gamme de pathogènes et l'appui à des missions de collecte de prélèvements humains, et animaux, ou dans l’environnent.
Ces activités favorisent la construction d’un réseau durable de laboratoires, capable de répondre efficacement et collectivement aux épidémies émergentes renforçant ainsi la sécurité sanitaire à l’échelle nationale, régionale et mondiale.
