Entre septembre 2018 et mars 2019, une épidémie de choléra a sévit au Zimbabwe, faisant 10 000 cas dont 69 morts. L’unité des Bactéries pathogènes entériques de l’Institut Pasteur a participé, avec des scientifiques du National Institute for Communicable Diseases d’Afrique du Sud et du ministère de la santé du Zimbabwe, à l’étude d’une souche de vibrion cholérique (Vibrio cholerae O1) responsable de cette épidémie.
La souche appartient à la lignée T13
L’analyse du génome bactérien a permis de montrer que la souche épidémique appartenait à la nouvelle lignée T13, originaire d’Asie du Sud et arrivée en Afrique de l’Est en 2013-2014. Cette même lignée T13 avait été identifiée par les scientifiques de l’Unité des Bactéries pathogènes entériques comme la cause de l’épidémie de choléra au Yémen(1).
Une souche résistante à de nombreux antibiotiques
Cependant la souche épidémique du Zimbabwe était hautement résistante aux antibiotiques, contrairement à celle du Yémen. Elle était notamment résistante aux tétracyclines, qui sont données en première intention en association avec les solutions de réhydratation. Quatorze gènes supplémentaires de résistance aux antibiotiques ont été identifiés par analyse génétique de cette souche du Zimbabwe.
Jusqu’à cette épidémie, la présence d’une structure de résistance aux antibiotiques dans le chromosome bactérien des vibrions cholériques empêchait l’acquisition de tels plasmides de résistance et donc stabilisait le contenu en gènes de résistance. Les scientifiques de l’unité des Bactéries pathogènes entériques travaillent maintenant à mieux comprendre la coexistence de ces deux structures de résistance dans cette nouvelle lignée T13.
Sources :
(1) Genomic insights into the 2016–2017 cholera epidemic in Yemen, Nature, 2 janvier 2019.
François-Xavier Weill1, Daryl Domman2,3,elisabeth Njamkepo1, Abdullrahman A. Almesbahi4, Mona Naji4, Samar Saeed Nasher4, Ankur rakesh5, Abdullah M. Assiri6, Naresh Chand Sharma7, Samuel Kariuki8, Mohammad reza Pourshafie9, Jean rauzier1, Abdinasir Abubakar10, Jane Y. Carter11, Joseph F. Wamala12, Caroline Seguin13, Christiane Bouchier14, thérèse Malliavin15, Bita Bakhshi16, Hayder H. N. Abulmaali17, Dhirendra Kumar7,18, Samuel M. Njoroge8, Mamunur rahman Malik10, John Kiiru8, Francisco J. Luquero5, Andrew S. Azman19, thandavarayan ramamurthy18, Nicholas r. thomson2,20 & Marie-Laure Quilici1
1Institut Pasteur, Unité des Bactéries Pathogènes Entériques, Paris, France.
2Wellcome Sanger Institute, Hinxton, UK.
3Bioscience Division, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM, USA.
4National Centre of Public Health Laboratories (NCPHL), Sana’a, Yemen.
5Epicentre, Paris, France.
6Ministry of Health, Riyadh, Saudi Arabia.
7Maharishi Valmiki Infectious Diseases Hospital, Delhi, India.
8Centre for Microbiology Research, Kenya Medical Research Institute, Nairobi, Kenya.
9Pasteur Institute of Iran, Department of Bacteriology, Tehran, Iran.
10WHO Regional Office for the Eastern Mediterranean (EMRO), Cairo, Egypt.
11Amref Health Africa, Nairobi, Kenya.
12WHO, Juba, South Sudan.
13Médecins Sans Frontières (MSF), Dubai, United Arab Emirates.
14Institut Pasteur, Plate-forme Génomique (PF1), Paris, France.
15Unité de Bioinformatique Structurale, UMR 3528, CNRS; C3BI, USR 3756, Institut Pasteur, Paris, France.
16Department of Bacteriology, Faculty of Medical Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran.
17Central Public Health Laboratory (CPHL), Baghdad, Iraq.
18Translational Health Science and Technology Institute (THSTI), Faridabad, Haryana, India.
19Department of Epidemiology, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Baltimore, MD, USA.
20London School of Hygiene and Tropical Medicine, London, UK.
(2) Highly Resistant Cholera Outbreak Strain in Zimbabwe, The New England Journal of Medicine, 13 août 2020.
Tapfumanei Mashe1, Daryl Domman2, Andrew Tarupiwa1, Portia Manangazira1, Isaac Phiri1, Kudzai Masunda3, Prosper Chonzi3, Elisabeth Njamkepo4, Masindi Ramudzulu5, Sekesai Mtapuri-Zinyowera1, Anthony M. Smith5, François-Xavier Weill4
1Ministry of Health and Child Care, Harare, Zimbabwe
2University of New Mexico Health Sciences Center, Albuquerque, NM
3Beatrice Road Infectious Diseases Hospital, Harare, Zimbabwe
4Institut Pasteur, Paris, France
5National Institute for Communicable Diseases, Johannesburg, South Africa
Cette étude entre dans le cadre de l’axe scientifique prioritaire Maladies infectieuses émergentes du plan stratégique 2019-2023 de l’Institut Pasteur.
