L’histoire du mpox : des tout premiers cas aux nouvelles découvertes

En République Centrafricaine (RCA), les populations locales sont dépendantes de la chasse afin de consommer des protéines animales. Or, progressivement, sur plusieurs décennies, les populations ont eu un accès de plus en plus difficile à cette protéine animale. Le gros gibier est devenu moins fréquent et la chasse des animaux de plus en plus petits s’est développée, y compris la chasse des rongeurs, dont certains sont suspects d'être un réservoir animal de mpox (lire plus loin).  

En 2010, la RCA a marqué un tournant en déclarant le mpox comme une maladie à déclaration obligatoire, renforçant ainsi la surveillance de cette pathologie émergente. Cela a permis une meilleure documentation et une réponse plus structurée en cas d’apparition de cas.  

A partir de 2012, des troubles sociaux-politiques en RCA ont vu le jour. Ces événements ont poussé les populations à fuir les villages pour se réfugier dans les forêts, dont on peut supposer qu’ils ont créé un environnement propice pour le contact direct avec des animaux potentiellement porteurs du virus du mpox, notamment les petits animaux suspectés. « Malgré la présence sporadique de groupes médicaux tels que Médecins Sans Frontières (MSF), la continuité des soins était difficile à maintenir. MSF m’envoyait régulièrement des collectes de prélèvement pour confirmer le diagnostic », explique Emmanuel Nakouné. Ils ont pu alors observer un lien entre la localisation des populations dans la forêt et leur proximité avec les réservoirs animaux. 

Entre 2013 et 2016, une accalmie a été observée avec une moyenne de 5 à 10 cas par an en RCA. En 2013, Emmanuel Nakouné décide de soumettre un projet de recherche (dit ACIP pour Action Concertée Institut Pasteur) pour enquêter sur l’épidémiologie du mpox. Cette enquête rapporte que plus de 50% de la population étudiée possède des anticorps contre les orthopoxvirus. Pour les plus âgés, ces anticorps font suite à la vaccination contre la variole, qui s’est poursuivie jusqu’en 1980. Cela expliquerait pourquoi les épidémies restaient contenues dans les villages.  

La plus importante épidémie en RCA de la période a eu lieu en 2016, débutée par la détection tardive d'un cas chez un enfant. Après la visite initiale à un dispensaire, la famille a dû se rendre dans un hôpital régional en utilisant divers moyens de transport, facilitant ainsi la transmission du virus à de multiples contacts, y compris des membres de la famille ainsi que le personnel médical non équipé de protections suffisantes. En tout, 13 personnes ont été contaminées à partir de ce cas initial. Cette épidémie a exposé les failles dans le système de santé local.

Le projet Afripox est lancé en 2019 mais est rapidement interrompu en raison de la pandémie de Covid-19. Néanmoins, la pandémie de mpox de 2022 a servi à remobiliser les autorités de santé et la communauté scientifique, menant à la reprise et à la conclusion d'Afripox en 2024 avec de nouvelles découvertes importantes. 

Les équipes de l’Institut Pasteur à Paris (Antoine Gessain, Arnaud Fontanet, Jean-Claude Manuguerra et Tamara Giles-Vernick) et de l’Institut Pasteur de Bangui (Emmanuel Nakouné) ont collaboré dans le cadre du projet Afripox financé par l’agence nationale de la recherche. Leurs objectifs étaient multiples : 

• Comprendre plus en détail les conditions d’émergence du virus mpox ; 
• Décrire de manière plus précise les formes cliniques de la maladie en contexte africain ; 
• Identifier les réservoirs animaux et hôtes secondaires du virus ; 
• Améliorer les tests diagnostiques utilisables en zone reculée ; 
• Comprendre les pratiques des populations locales et leur perception de la maladie.

Les connaissances sur le profil des manifestations cliniques du mpox a évolué. Depuis 2021, les médecins suivent un protocole précis lors de l’administration du traitement, le tecovirimat. Chaque jour après administration du traitement, ils doivent compter le nombre d’éruptions cutanées. C’est en appliquant ce protocole qu’ils se sont aperçues que dans la grande majorité des cas, les patients ont des lésions cutanées près des organes génitaux. « Cela indique une possible transmission lors d’un rapport sexuel », explique Arnaud Fontanet. « Il s’agit même d’un comportement à risque. Ces lésions pourraient expliquer des transmissions entre parents au sein de la maisonnée  », ajoute-il.

L’équipe d’Alexandre Hassanin au Musée national d’histoire naturelle à Paris et l’équipe EPVO (Antoine Gessain) ont contribué aux recherches de réservoirs du mpox. Ils ont comparé la niche écologique du virus mpox avec les niches écologiques des animaux mammifères africains les plus suspects d’être infectés. A l’aide de ces informations, ils ont pu analyser les chevauchements des niches écologiques par la modélisation et créer des cartes pour découvrir quelle espèce animale serait le probable réservoir du mpox. Les résultats ont montré que l’écureuil du genre Funisciurus anerythrus serait probablement le réservoir du mpox. C’est une espèce que l’on trouve au niveau de la forêt équatoriale de l’Afrique centrale et de l’Ouest. 

Une étude anthropologie a été menée par Tamara Giles-Vernick, anthropologue à l’Institut Pasteur, pour interroger les populations sur leurs pratiques de chasse. En effet, ayant effectué sa thèse en RCA il y a 30 ans, elle a déjà pu montrer une évolution des pratiques de chasse. « Il y a 45 ans, les populations chassaient plus facilement les gros gibiers. Les rongeurs n’étaient donc ni consommés ni recherchés. Mais avec les difficultés d'élever les animaux et la diminution d’animaux de grande taille, les populations sont devenues dépendantes des petits animaux de manger des protéines animales. On observe un changement des pratiques de chasse », raconte Tamara Giles-Vernick. « Là où le grand gibier diminue, les rongeurs semblent se reproduire rapidement, de sorte que le profil des animaux dans la forêt a changé ». On observe que la capture et la consommation des écureuils a ainsi augmenté depuis 30 ans.  

Cette étude a permis d’observer comment les populations locales interprétaient l’arrivée du mpox. « C’est important de savoir comment les gens vivent les maladies et se les expliquent entre eux. Les populations locales ne savent pas d’où vient le mpox mais l’arrivée des nouvelles maladies comme celle-ci est expliquée comme un déclin politique et économique depuis les années 80. Cependant, si un adulte est touché par le mpox, cela peut être vu comme de la sorcellerie, souvent incriminée pour expliquer les malheurs. Il est donc fondamental d’adapter la communication localement, pour déculpabiliser les gens, s’assurer de la bonne compréhension et adhésions aux messages de santé publique », ajoute Tamara. Par ailleurs, l’appellation même de la maladie diffèrent selon les zones géographiques ce qui nécessiteraient des communications à risque, adaptées à chaque localité.

De nouvelles méthodes de séquençage sont en cours de développement à l’aide de technique adaptées à des laboratoires moins équipés. Cette technologie permet de suivre la propagation du virus, détecter rapidement les mutations et adapter les stratégies de réponse. Elle joue un rôle important dans la surveillance globale de la maladie, permettant d'anticiper et de réagir plus efficacement aux flambées épidémiques. 

Grace au séquençage de souches virales, il a été montré que les souches qui circulent en RCA sont proches de celle en RDC et les premiers cas porteurs de ces souches seraient apparus en 1945. Puis ces souches se seraient séparées dans les années 1960-1970 suite aux mouvements de population de l’époque. Cela expliquerait la différence de souche entre le sud-ouest et le sud-est de la RCA.