Activités du CNR des Vibrions et du Choléra

Avant tout envoi, consulter la rubrique « Envoyer un échantillon/une souche »

Tout échantillon adressé au CNR doit obligatoirement être accompagné des renseignements cliniques et épidémiologiques, à mentionner sur la Fiche d'accompagnement de souche (PDF - 273 Ko) fournie par le CNR et devant accompagner l’échantillon.

Le CNR n’effectue pas d’analyses de 1ère intention sauf demande particulière, en accord avec les responsables du CNR.

ANALYSES

• Identification par des techniques bactériologiques classiques et moléculaires et par des techniques sérologiques (agglutination) des vibrions cholériques (V. cholerae O1 et O139)
• Identification par des techniques bactériologiques classiques et moléculaires des espèces de vibrions non cholériques pathogènes pour l’homme.
• Recherche par PCR des gènes codant pour des facteurs de pathogénicité des espèces de vibrions pathogènes pour l’homme.

EXPERTISES

• Recherche des vibrions cholériques à partir de prélèvements
• Évaluation de la sensibilité des souches aux anti-infectieux.
• Mesure du titre d’anticorps vibriocides de sérums vis à vis des vibrions cholériques
• Typage moléculaire des souches de vibrions.
• Sérotypage des souches de V. parahaemolyticus d’origine humaine appartenant aux clones pandémiques.

1. Techniques disponibles

• Recherche des vibrions cholériques à partir de prélèvements par des techniques classiques d’enrichissement/isolement en milieux sélectifs. Cette recherche est effectuée en fonction du contexte clinique et épidémiologique ; sont essentiellement concernés des prélèvements en provenance de l’étranger, reçus d’organisations non gouvernementales (ONG) internationales comme Médecins Sans Frontières (MSF)
• Recherche par PCR classique ou en temps réel des gènes i) spécifiques de l’espèce V. cholerae, ii) codant pour la toxine cholérique iii) codant pour les gènes responsables de la spécificité antigénique O du LPS (O1 et O39), directement sur des prélèvements
• Identification par des techniques bactériologiques classiques (galeries API 20E^®, galeries de croissance en sels) et moléculaires (PCR) des espèces de vibrions pathogènes pour l’homme.
• Détermination, par agglutination avec des sérums commercialisés, des sérogroupes O1ou O139 des souches identifiées comme V. cholerae.
• Détermination, par agglutination avec des sérums commercialisés, des sérogroupes O et des antigènes capsulaires K (13 antigènes O et 71 antigènes K identifiés) des souches de V. parahaemolyticus susceptibles d'appartenir à un clone pandémique
• Recherche par PCR des gènes codant pour des facteurs de pathogénicité de différentes espèces de Vibrio, toxine cholérique, facteur d'adhésion TCP, toxine ST, hémolysine HlyA, chez V. cholerae, hémolysines TDH et TRH chez V. parahaemolyticus
• Diagnostic sérologique basé sur la mesure du titre d’anticorps vibriocides de sérums vis à vis des vibrions cholériques
• Séquençage complet des génomes des souches de vibrions cholériques et non cholériques, en parallèle des techniques de bactériologie classique et moléculaires. Cette technique pourrait remplacer à terme les analyses conventionnelles utilisées pour un rendu de résultats (confirmation de l'espèce, présence des gènes codant pour des facteurs majeurs de pathogénicité), ce qui n'est pas réalisable actuellement en raison les délais d’obtention des séquences.
• Détermination de la résistance aux agents antibactériens par la réalisation d’un antibiogramme par diffusion en milieu gélosé pour toutes les souches isolées chez l’homme, à des fins de suivi épidémiologique, éventuellement détermination de CMI par Etest® et/ou Sensititre ™

SURVEILLANCE

Vibrions cholériques

Le CNR est chargé de l’identification des souches de vibrions cholériques responsables de cas de Choléra survenant en France, où, comme dans de nombreux pays, cette maladie est à déclaration obligatoire. Un faible nombre de cas de choléra (0 à 5) surviennent chaque année en France et sont toujours importés. Lorsqu’une souche suspectée d’être un vibrion cholérique est adressée au CNR, celui-ci contacte immédiatement par téléphone le microbiologiste afin de connaître le contexte clinique et épidémiologique de l’isolement de la souche. Les médecins et les biologistes qui suspectent un diagnostic de choléra doivent en informer le médecin inspecteur de santé publique de l’ARS de leur lieu d'exercice (signalement) et les biologistes doivent envoyer la souche suspecte au CNRVC. Il n'existe pas de support spécifiquement dédié au signalement, c’est généralement la fiche de Déclaration Obligatoire (DO) qui en fait effet, https://www.formulaires.modernisation.gouv.fr/gf/cerfa_12197.do

La notification intervient après le signalement et après confirmation du diagnostic bactériologique par le CNR.

Toute identification d’une souche de vibrion cholérique sur le territoire français fait l’objet d’un signalement par le CNR, le jour même, par télécopie avec confirmation par courrier, à la DGS et à SPF.

Le CNR étudie des souches de vibrions cholériques qui lui sont adressées par des microbiologistes étrangers ainsi que des prélèvements de selles qui lui sont adressés par des organisations humanitaires. Cela lui permet d’étudier les souches de vibrions cholériques circulant dans le monde et donc susceptibles d’être importées en France.


Vibrions non cholériques
Le CNR identifie aussi des souches de vibrions non cholériques d’origine humaine. L’espèce V. cholerae (sérogroupes non-O1/non-O139) est la plus souvent isolée, responsable de septicémies, de gastro-entérites ou d’infections suppuratives. Viennent ensuite les espèces V. parahaemolyticus, responsable de gastro-entérites, et V. vulnificus, responsable de septicémies ou d’infections suppuratives. Pour chaque souche de vibrion non cholérique d’origine humaine identifiée, les microbiologiste et/ou clinicien doivent remplir la Fiche d'accompagnement de souche (PDF - 273 Ko), permettant le recueil de renseignements cliniques et épidémiologiques sur l’exposition du patient. Les données ainsi recueillies révèlent, dans la majorité des cas, un contact des patients avec l’eau de mer ou avec des produits de la mer.

COLLECTION DE SOUCHES

Toutes les souches reçues au CNR et appartenant au genre Vibrio sont mises en conservation par congélation à -80°C et en azote liquide. Le CNR peut être amené à assurer une distribution de certaines souches, utilisées comme souches de référence (souches témoins de PCR par exemple). Pour toute demande, contacter les responsables du CNR ou la Collection de l’Institut Pasteur (CIP).

FORMATION

Le CNR participe à des enseignements post-universitaires en France et à l’étranger en donnant des cours sur le choléra et sur les vibrions non cholériques. Ces interventions sont l’occasion de faire connaître le rôle du CNR, de rappeler que le choléra est une maladie à déclaration obligatoire, et que toutes les souches suspectes doivent obligatoirement être envoyées au CNR pour identification ou confirmation de l’identification. L'importance des infections à vibrions non cholériques est également soulignée, le CNR rappelle que la recherche de Vibrio dans les selles ne doit pas se limiter à la seule investigation des cas de choléra chez des patients de retour de zone d’endémie et que les médecins doivent soupçonner une infection à Vibrio chez des patients souffrant de gastro-entérites dès lors qu’ils ont la notion de consommation récente de produits de la mer crus ou d’exposition au milieu marin. Les laboratoires sont invités à déclarer systématique au CNR des Vibrions et du Choléra les cas d’infections à VNC et à lui envoyer les souches isolées.

Le CNR reçoit des stagiaires français ou étrangers, dans le cadre de collaborations ou de formations diplômantes, pour les former aux méthodes classiques et moléculaires d’étude des vibrions cholériques et non cholériques. 

Le CNR a publié des revues générales 
- sur le choléra : 
Quilici M.-L. (2011). Le diagnostic bactériologique du choléra. Revue Francophone des Laboratoires (Elsevier Masson SAS), Dossier Les Maladies Tropicales, 431, 51-65.
Fournier J.-M., Quilici M.-L. (2007). « Choléra ». La Presse Médicale, Dossier thématique Diarrhées Tropicales, 36, 727-739. 

- sur les infections à vibrions non cholériques : 
Quilici M.-L, Robert-Pillot A. (2017). Vibrio. Précis de bactériologie clinique, Ed. ESKA 2017 – Chap 67, 28 p.

Quilici M.-L, Robert-Pillot A. (2011). Infections à vibrions non-cholériques. EMC (Elsevier Masson SAS, Paris), Maladies infectieuses, 8-026-F-15, 2011, 12 p.
 

Prestations de conseils

Le CNR donne régulièrement par téléphone ou par courrier électronique des conseils aux biologistes sur les méthodes d’isolement et d’identification des vibrions, également des conseils pratiques sur les modalités d'envoi des échantillons.

COLLABORATIONS ET RÉSEAUX

Au niveau national

• SPF, la DGS
• Laboratoires de biologie médicale, centres hospitaliers 
• l’ANSES - Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail 
• la DGAL : Direction Générale de l’Alimentation
• la DGCCRF : Direction Générale de la Consommation, de la Concurrence et de la Répression des Fraudes
• l’IFREMER : Institut français de Recherche pour l’Exploitation de la mer

Au niveau international

• l’OMS (Global Task Force on Cholera Control),
• les Instituts du Réseau International des Instituts Pasteur et Instituts associés
• des organisations humanitaires non gouvernementales impliquées dans la prise en charge d’épidémies de choléra, comme MSF.

Mis à jour le 14/02/2020