Envoyer une souche au CNR des Escherichia coli, Shigella, Salmonella

Tout envoi d'échantillon biologique au CNR-ESS ou au CNR associé E. coli n’est pris en compte qu’en présence d’une des fiches de renseignements ci-dessous correctement remplie. 

LA FICHE DE RENSEIGNEMENTS ÉPIDÉMIOLOGIQUES

Deux procédures sont mis en place pour l’envoi des informations épidémiologiques liées aux souches envoyées au CNR-ESS :

- Pour le diagnostic des infections à E. coli à adresser au CNR associé E. coli à l’hôpital Robert-Debré de Paris , veuillez vous adresser à leur site web pour télécharger, remplir et envoyer la fiche avec la souche ou le prélèvement, selon le cas.
Il est rappelé aux laboratoires de biologie médicale que l’envoi de souches pour confirmation du genre Escherichia, de souches de E. coli pour un simple sérotypage sans qu’il n’y ait un contexte clinique particulier ou de souches de E. coli appartenant à un autre pathovar que EHEC ou STEC ne peut être réalisé CNR associé E. coli qu’après entente préalable.

Pour rappel, la sérologie E. coli anti-LPS n’est plus réalisée (voir le courrier d’information ci-dessous) :
Courrier d’information sur la réorganisation des activités du CNR et son Laboratoire Associé pour les activités Escherichia coli du 24 mars 2017

RECOMMANDATIONS POUR LE PRÉLÈVEMENT ET CONDITIONS PRÉ-ANALYTIQUES

Prélèvements biologiques et souches de E. coli

Les prélèvements biologiques et les souches pour le diagnostic des infections à E. coli doivent être envoyés au CNR associé E. coli à l’hôpital Robert Debré de Paris, selon les modalités précisées sur son site internet (à consulter impérativement) : 

http://cnr-escherichiacoli-robertdebre.aphp.fr/procedure-envoi-echantillon-cnr/

Souches de Shigella/EIEC et de Salmonella

Les souches de Shigella et de Salmonella doivent être envoyées au CNR-ESS à l’Institut Pasteur de Paris, selon les modalités suivantes : 

• En tubes de gélose de conservation ou cultivées en pente sur des géloses nutritives type TCS (Tryptone Caséine Soja) ou gélose nutritive ou tout autre milieu adapté à la croissance des entérobactéries, de préférence non sélectif. L’envoi en boîte de Pétri augmente le risque de contamination et de dessiccation.
• À température ambiante
• Sous conditionnement de matériel biologique
• Dans un délai inférieur à deux mois après la date d’isolement.

Pour l’identification des Shigella, nous vous rappelons que la spectrométrie de masse de type Maldi-Tof ainsi que les galeries de tests biochimiques (automatisées ou non) ne sont pas capables de différencier les E. coli déficients des Shigella. Une analyse complémentaire est donc nécessaire, soit par sérotypage (4 antisérums polyvalents : S. sonnei, S. flexneri, S. boydii et S. dysenteriae) soit par biologie moléculaire, à la recherche des gènes d’invasivité (par exemple le gène ipaH).

Pour l'identification des EIEC, le diagnostic repose sur l’absence de marqueurs phénotypiques et sérologiques et sur la présence des mêmes gênes d’invasivité que ceux des Shigella.

Pour l'identification des Salmonella, comme pour les Shigella, les résultats obtenus par galeries de tests biochimiques doivent être confirmés par sérotypage (sérums polyvalents OMA, et OMB au minimum). Le CNR-ESS conseille également de posséder les anti-sérums suivants, pour détecter les sérotypes à déclaration obligatoire (Salmonella Typhi et Paratyphi A, B ou C) : 

- Sérums polyvalents :

• OMA : agglutine les groupes O:2 (anciennement groupe A), O:4 (anc. B), O:9 (anc. D)
• OMB: agglutine les groupes O:6,7,8 (anc. C)
• HMA : agglutine les flagelles a, b, d

- Sérums anti-O pour la détermination des groupes somatiques :

• 1,2
• 4,5
• 6,7,8
• 9

- Sérums anti-H pour la détermination des antigènes flagellaires de phase 1 :

• H-a
• H-b
• H-c
• H-d

- Sérum pour la détermination de la capsule :

• Vi
  Attention : l’absence d’agglutination avec l'anti-sérum Vi ne permet pas de conclure à l’absence de Salmonella Typhi.

Formules antigéniques des sérotypes majeurs (d’après le schéma de White-Kaufmann-Le Minor)

[] : les antigènes O ou H entre crochets peuvent être présents ou absents sans que le diagnostic de sérotype ne soit changé. Par exemple, la plupart des souches de Paratyphi A possèdent une seule phase flagellaire 1, H:a. Dans de rares cas des souches diphasiques avec une phase 2, H :1,5, ont été observées.

Remarques :
Les sérotypes Typhi et Paratyphi A peuvent être orientés biochimiquement par les automates de bactériologie du fait de caractéristiques caractéristiques biochimiques intrinsèques :
Sérotype Typhi : LDC+, ODC-, gaz-, H2S traces, Citrate de Simmons -
Sérotype Paratyphi A : LDC-, ODC+, gaz + , H2S-, Citrate de Simmons -
Autres sérotypes : LDC+, ODC+, gaz +, H2S++, Citrate de Simmons +
Les antiserums permettent ensuite de les confirmer.
 

Cas des souches de Salmonella envoyées au CNR en doublon :

Au décours de gastro-entérite (GEI) à Salmonella, une excrétion fécale prolongée est fréquemment observée malgré l’administration d’une antibiothérapie et/ou l’observation d’une guérison clinique du patient. Buchwald and Blaser[1] ont réalisé une revue de 32 études, incluant près de 3000 patients ayant présenté une salmonellose non-typhique, et ils ont estimé que la médiane d’excrétion était approximativement de 5 semaines. Une excrétion persistante était retrouvée pendant plus d’un an chez près d’1% des sujets.  A ces données s’ajoute une hypersensibilité de détection des souches de salmonelle dans une coproculture standard suite à l’utilisation de milieux d’enrichissement.

Ainsi, en dehors de toute persistance ou aggravation du tableau clinique, la coproculture de contrôle est à éviter, afin de limiter tout risque de prolongation inutile du traitement et/ou de l’hospitalisation.
Un portage chronique de Salmonella a également été observé, tant pour les sérotypes majeurs que pour les sérotypes mineurs, à la surface de calculs biliaires et/ou au niveau de l’épithélium de la vésicule biliaire de certains patients[2][3]. Plus rarement, cette persistance peut être urinaire, sur des calculs rénaux, ou dans le cas d’anomalie structurale du système urinaire [4][5].

Au regard des données actuelles de la littérature, présentées ci-dessus, et afin de faire la distinction entre nouvelle infection, portage chronique, lié à un portage biliaire par exemple, ou simple excrétion post-GEI, le CNR-ESS a pris la décision d’étudier désormais exclusivement les souches isolées dans un délai supérieur à 2 mois . Toute demande de sérotypage concernant des souches isolées chez un même patient dans un délai inférieur à 2 mois, n’est plus prise en charge par le CNR-ESS.

Cas particulier : toutefois si vous isolez une souche présentant un phénotype de résistance différent, vous pouvez toujours nous transmettre votre demande motivée pour vérification du sérotypage et suivi de l’évolution des mécanismes de résistance.

[1] Buchwald DS, Blaser MJ. 1984. A review of human salmonellosis: II. Duration of excretion following infection with non-typhi Salmonella. Rev Infect Dis. May-Jun;6(3):345-56.
[2]W. Crawford RW et al. 2010. Gallstones play a significant role in Salmonella spp. gallbladder colonization and carriage. PNAS. 107(9):4353–4358.
[3]Gonzalez-Escobedo G., Gunn, J.S. 2013. Gallbladder epithelium as a niche for chronic Salmonella carriage. Infection and Immunity. 81 (8) :2920–2930
[4] Cohen JI, Bartlett JA, Corey GR. Extra-intestinal manifestations of Salmonella infections. Medicine (Baltimore). 1987 Sep;66(5):349-88. doi: 10.1097/00005792-198709000-00003.
[5] Viale S, Avances C, Bennaoum K, Costa P. Infections urinaires à Salmonella non typhique [Non-typhus Salmonella urinary tract infections]. Prog Urol. 2002 Dec;12(6):1297-8.

ENVOI DU MATÉRIEL BIOLOGIQUE

• Pour E. coli, les échantillons biologiques selles, écouvillonnages rectaux, ainsi que les souches bactériennes doivent être envoyés dans les meilleurs délais à l' adresse suivante :

Hôpital Robert-Debré - CNR associé Escherichia coli - Service de Microbiologie
48 Boulevard Sérurier
75019 Paris
France
Téléphone du secrétariat : 33 (0)1 40 03 23 40
Télécopie : 33 ( 0)1 40 03 24 50
Email : e.coli@aphp.fr
Site internet : http://cnr-escherichiacoli-robertdebre.aphp.fr/
Étiquette à coller sur le carton : Etiquettes

• Pour Shigella/EIEC et Salmonella , les souches bactériennes doivent être envoyées dans les meilleurs délais à l’adresse suivante :

Centre National de Référence Escherichia coli, Shigella et Salmonella
Institut Pasteur 25-28 rue du Docteur Roux
75724 Paris Cedex 15
France
Téléphone du secrétariat : 33 (0)1 45 68 83 39
Télécopie : 33 (0)1 45 68 88 37
Email: salmonella@pasteur.fr et colishig@pasteur.fr

Législation : Tout transport de matériels biologiques potentiellement infectieux demeure sous l’entière responsabilité de l’expéditeur. Les modalités de transport des matières infectieuses sont fixées par l’arrêté français du 5 août 2009 modifiant l'arrêté du 29 mai 2009 relatif au transport des marchandises dangereuses par voies terrestres (dit « arrêté TMD »). Il est recommandé de suivre le Guide sur la sécurité du transport des matières infectieuses et des échantillons de diagnostic publié par l'OMS.

PRESTATION DE CONSEIL, SUGGESTION ET RÉCLAMATION

Pour E. coli : contacter le CNR associé à l’hôpital Robert Debré de Paris.

Pour Shigella/EIEC ou Salmonella contacter le CNR-ESS à l’Institut Pasteur de Paris.

Ou le service de Coordination des Centres de Référence.

MODALITÉS DE CONSERVATION ET RESTITUTION DES ÉCHANTILLONS BIOLOGIQUES TRAITÉS

Toutes les souches bactériennes ré-isolées au CNR-ESS de l’Institut Pasteur sont conservées pour une durée illimitée à température ambiante en gélose de conservation. Les échantillons originaux sont détruits une semaine après analyse.

CONFIDENTIALITÉ ET PROTECTION DES INFORMATIONS

Les fichiers informatisés du CNR sont déclarés à la Commission Informatique et Libertés (CNIL) : Loi n°78-17 du 06 janvier 1978.
Voir aussi Organisation des CNR – Confidentialité et protection des informations

CONDITIONS FINANCIÈRES

Le typage des E. coli, Shigella et Salmonella est effectué gratuitement pour tous les laboratoires à condition que les critères suivants soient remplis :

• Souche pure d’origine humaine appartenant au genre Salmonella ou au taxon " Escherichia coli - Shigella " idéalement pré-agglutinée, issue d’un diagnostic médical récent (date d’isolement inférieure à 2 mois), 
• Fiche de renseignements correctement remplie accompagnant la souche.

Accès à la plateforme REDCap

Pour les souches d’origine non-humaine, veuillez contacter le laboratoire correspondant :

Salmonella :

Unité SEL de l’Anses à Maisons Alfort / reseau.salmonella@anses.fr

Unité HQPAP de l’Anses à Ploufragan / eila-salmonella@anses.fr

STEC :

LMAP de VetAgro Sup à Marcy l’Étoile / umap-diagnostic@vetragro-sup.fr

Tarification de sérotypage Salmonella

​Voir aussi :
Organisation des Centres Nationaux de Référence,
Système du Management de la Qualité des Laboratoires de Référence et d’Expertise

Mis à jour le 18 avril 2024