L’Agence française de développement (AFD) et l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes, en partenariat avec l’Institut Pasteur, l’IRD et des laboratoires de 13 pays d’Afrique lancent conjointement le projet AFROSCREEN. Ce projet répond à un besoin urgent de surveillance de l’évolution des variants du SARS-CoV-2 et d’autres pathogènes émergents en renforçant les capacités de séquençage génomique des laboratoires.
Ce projet de l’Initiative Santé en Commun renforce la contribution de la France à la riposte mondiale contre la pandémie de Covid-19 et s’inscrit dans la stratégie du G20, en étroite coordination avec le CDC (Centres of Disease Control) de l’Union Africaine.
Renforcer les capacités des laboratoires et surveiller la dynamique de diffusion
Le programme de 10 millions d’euros vise deux objectifs principaux :
- renforcer les capacités de séquençage des laboratoires dans 13 pays d’Afrique - Bénin, Burkina Faso, Cameroun, Côte d’Ivoire, Ghana, Guinée, Madagascar, Mali, Niger, République centrafricaine, République démocratique du Congo, Sénégal, Togo.
- surveiller la dynamique de diffusion en articulant cet effort avec l’application de mesures préventives pour contrôler et limiter la circulation des variants.
Il s’étendra sur deux ans, devrait permettre de réaliser environ 34 000 séquençages et 54 000 PCR de criblage en mobilisant 19 laboratoires.
Un besoin important de renforcer les capacités de surveillance virologique en Afrique
La pandémie de Covid-19 a touché près de 6 millions de personnes et près de 150 000 décès ont été rapportés par l’Africa CDC à ce jour. Ces données globales masquent cependant une très grande hétérogénéité entre les pays. Il est difficile de déterminer si ces chiffres reflètent correctement la situation épidémiologique car la surveillance virologique est encore limitée sur le continent africain. A ce jour, la circulation des variants connus dits « Alpha », « Beta » et « Delta » a déjà été notifiée dans certains pays et, comme tous les virus à ARN, le SARS-CoV-2 va continuer à muter, ce qui aura un impact déterminant sur l’évolution de l’épidémie. Il y a donc un fort enjeu à mettre en place une stratégie efficace de surveillance et de séquençage. Celle-ci permettra d'une part, de suivre plus précisément l’évolution, la diffusion ainsi que l’impact clinique des variants dans la population, mais également d'adapter en fonction des résultats, les priorités de santé publique.
Ce projet complète et renforce l’Africa Pathogen Genomics Initiative engagée par le CDC de l’Union Africaine pour la surveillance des variants sur le continent Africain ; une étroite collaboration entre le consortium ANRS-IRD-Institut Pasteur et le CDC est prévue.
Sur le long terme, le programme consolidera des plateformes technologiques en structurant un réseau pérenne de surveillance des pathogènes émergents en Afrique, répondant ainsi aux enjeux « One Health - Santé Globale ».
AFROSCREEN, un consortium international et interinstitutionnel
AFROSCREEN témoigne d’une démarche volontaire et engagée, orientée vers des collaborations interinstitutionnelles à forts enjeux scientifiques et sociétaux. Ce consortium s’inscrit naturellement dans la continuité de trois projets mis en œuvre en 2020 dans le cadre de l’Initiative portée par l’AFD « Santé en Commun », qui ont permis le renforcement des capacités des laboratoires dans plusieurs pays d’Afrique en matière de diagnostic. En se basant sur ces acquis, et en promouvant une démarche multi partenariale concertée, il est aujourd’hui proposé de renforcer leurs capacités en matière de détection, de surveillance des variants et en santé publique.
L’AFD financera le projet à hauteur de 10 millions d’euros et en confiera la coordination à l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes, agence autonome de l’Inserm. Les réseaux internationaux de 20 laboratoires dans 13 pays d’Afrique constituent les forces opérationnelles du projet avec les trois partenaires scientifiques français : l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes, l’Institut Pasteur et l’IRD.
Les réseaux suivants sont ainsi réunis en synergie :
- sept sites membres du Pasteur Network en République centrafricaine, Côte d’Ivoire, Guinée, Sénégal, Cameroun, Niger, Madagascar
- six sites en collaboration avec l’IRD au Togo, en République démocratique du Congo, Guinée, Cameroun, Bénin, Ghana
- six sites en collaboration avec l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes en Côte d’Ivoire, Mali, Sénégal, Burkina Faso
Ce premier consortium entre les trois institutions et leurs réseaux de laboratoires permet une large couverture géographique, une forte capacité de mise en œuvre et une solidité technique et scientifique.
« Pour mettre fin à la pandémie, il est nécessaire que tous les pays disposent d’outils leur permettant d’identifier l’émergence de nouveaux variants. AFROSCREEN est un projet structurant dans le secteur de la recherche et de la surveillance virologique car il implique un volet important de renforcement des capacités de séquençage et de formation. Ce consortium s'inscrit pleinement dans les missions de l'ANRS | Maladies infectieuses émergentes, qui s'articulent notamment autour de collaborations internationales et interinstitutionnelles et regroupent les forces de différents acteurs travaillant conjointement » Yazdan Yazdanpanah, directeur de l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes.
Comme l’a rappelé le Président Macron, nous devons « continuer à nous mobiliser et à mobiliser tous nos partenaires » pour contrer la propagation des variants de Covid-19 à travers le monde. C’est le sens de ce projet AFROSCREEN, conçu en partenariat avec l’IRD, l’ANRS et l’Institut Pasteur – dont l’expertise et l’ancrage local sont des gages d’efficacité – pour amplifier la surveillance de l’évolution des variants dans treize pays d’Afrique. Financé dans le cadre de l’initiative Santé en Commun mise en œuvre par l’AFD, ce projet d’envergure témoigne de mobilisation continue de la France dans la riposte globale et d’abord africaine à la pandémie et s’inscrit dans la stratégie du G20, en étroite coordination avec l’Union Africaine » Rémy Rioux, Directeur Général de l’AFD.
Cette étude entre dans le cadre de l’axe scientifique prioritaire Maladies infectieuses émergentes du plan stratégique 2019-2023 de l’Institut Pasteur.
