Activités du CNR des Corynebactéries du complexe diphtheriae

Avant tout envoi, consulter la rubrique « Envoyer un échantillon/un isolat »

ANALYSES

• Le CNR réalise la recherche du gène tox par PCR en temps réel, après extraction du matériel génétique de la bactérie
• L’identification des isolats du genre Corynebacterium appartenant au complexe diphtheriae (C. diphtheriae, C. ulcerans, C. pseudotuberculosis , C. belfantii et C. rouxii, C. ramonii, C. silvaticum) est réalisée par PCR en temps réel (méthode accréditée) et par séquençage génomique.
• L’analyse directe de prélèvements biologiques de patients, n’est réalisée qu’exceptionnellement en cas d’urgence à définir avec le CNR en amont de l’envoi. Egalement, les prélèvements pour le suivi de sujets contacts ou les animaux contacts de porteurs de souches tox-positives ne sont pas traités par le CNR : ils doivent être analysés dans un laboratoire local. Les souches éventuellement identifiées (membres du complexe diphtheriae) devront alors être envoyées au CNR.

EXPERTISES

Dans le cadre de ses activités de surveillance épidémiologique et de recherche le CNR réalise:

• Une confirmation de l’identification par séquençage génomique, ainsi que la détermination du biovar des souches de C. diphtheriae (Mitis, Gravis, Belfanti) par des méthodes biochimiques
• La détermination de la sensibilité des souches aux antibiotiques
• La détermination de la production de la toxine diphtérique par un test d’immuno-précipitation, le test d'Elek
• Le typage moléculaire des souches par la méthode « Multilocus Sequence Typing » (MLST) et core genome MLST.

SURVEILLANCE

• Le CNR alerte les autorités de santé publique lors de la détection du gène tox codant pour la toxine diphtérique dans un prélèvement ou une souche.
• Le CNR participe à l’investigation de phénomènes épidémiques (typage de souches, comparaison de souches isolées chez les malades, chez leurs animaux de compagnie et, le cas échéant, dans d’autres sources)
• Le CNR contribue aux réseaux de surveillance internationaux, en particulier européens
• Le CNR peut contribuer à des enquêtes ponctuelles à la demande des autorités de santé publique.

COLLECTION D’ISOLATS

Les isolats sont cultivés et conservés au CNR, une fois leur appartenance au complexe diphtheriae confirmée.

COLLABORATIONS ET RÉSEAUX

Nationaux 

Le CNR collabore avec les autorités de santé publique, les laboratoires hospitaliers et d’autres laboratoires, y compris vétérinaires, sur les aspects épidémiologiques, cliniques ou microbiologiques de la diphtérie.

Internationaux 

•  Le CNR collabore avec ses homologues à l’international.
• Le CNR assure la curation de la nomenclature génomique (MLST et core genome MLST) des souches deC. diphtheriae, C. ulcerans, C. ramonii, C. belfantii et C. rouxii, répertoriée dans la base de données accessible sur le site BIGSdb-Pasteur (https://bigsdb.pasteur.fr/diphtheria/) et mise à disposition librement pour la communauté scientifique. Cette nomenclature fournit un langage internationalement unifié, permettant de reconnaître les mêmes souches par tous les laboratoires du monde.

Mis à jour le 28/12/2023