Activités du CNR de la Rage

Avant tout envoi, consulter la rubrique « Envoyer un échantillon/une souche »

Toute demande au CNRR n’est prise en compte que si elle est accompagnée des renseignements notamment cliniques, à mentionner sur la feuille de demande d'analyse fournie par le CNRR et devant accompagner l’échantillon.

ANALYSES ET EXPERTISES

Diagnostic de la rage en France

Chez les animaux suspects de contamination humaine
Tous les prélèvements animaux sont adressés par les Directions Départementales (de l’emploi, du travail, des solidarités et) de la Protection des Populations (DDPP ou DDETSPP), par les Laboratoires Vétérinaires Départementaux (LVD) ou par les Écoles Nationales Vétérinaires. Quelle que soit l'origine géographique des prélèvements, les analyses du CNRR portent exclusivement sur des animaux suspects de rage ayant pu entraîner une contamination humaine par léchage, griffure ou morsure, voire par simple manipulation. Ce sont des animaux sauvages ou domestiques, abattus ou décédés pendant la période de mise sous surveillance vétérinaire. Les prélèvements sont constitués de la tête de l'animal, voire de l’animal entier ou de l’encéphale s’il s’agit respectivement de petits ou de très gros animaux.

Le CNRR effectue aussi le diagnostic de la rage sur des prélèvements animaux expédiés directement par des laboratoires étrangers (suite à un risque de contamination humaine ou dans le cadre d’un programme de recherche) et par les services de l’Armée Française en opération à l’étranger. Il s’agit pour certains d’entre eux d’animaux à l’origine de contaminations de ressortissants français séjournant dans des pays où les structures de diagnostic sont inexistantes.

Chez l’homme
La demande de diagnostic de la rage humaine concerne tout patient présentant des troubles neurologiques d’étiologies indéterminées, associées ou non à un antécédent de voyage à l’étranger ou à une morsure animale. Les prélèvements humains sont recueillis et envoyés par les services de maladies infectieuses, de neurologie ou de réanimation des Centres Hospitaliers français, et éventuellement étrangers. Une fois confirmée biologiquement, la rage est une maladie à déclaration obligatoire.

Techniques utilisées 

Chez les animaux suspects de contamination humaine
Le diagnostic réalisé chez l’animal est un diagnostic exclusivement post-mortem, effectué à partir de prélèvements cérébraux. Ces prélèvements sont examinés systématiquement suivant deux techniques référencées par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) et l’Organisation Mondiale de la Santé Animale (OMSA) :

• Immunofluorescence directe sur impressions de corne d'Ammon, de bulbe ou de cortex en utilisant un anticorps polyclonal anti-nucléocapside rabique conjugué à l’isothiocyanate de fluorescéine (technique Fluorescent Antibody Test ou FAT),
• Isolement du virus par culture cellulaire sur des neuroblastomes murins (technique Rabies Tissue Culture Infection Test ou RTCIT).

Le CNRR est accrédité par le Cofrac selon le référentiel ISO 17025 depuis 2006 dans la section Laboratoire (diagnostic animal, accréditation N° 1-1692), pour les techniques de détection d’antigènes rabiques par immunofluorescence directe sur impressions de corne d'Ammon, de bulbe ou de cortex (FAT) et d’isolement du virus par culture cellulaire sur des neuroblastomes murins (RTCIT).

Les techniques actuelles de diagnostic post-mortem de la rage au CNRR permettent de porter un diagnostic de certitude dès 24 à 48 heures suivant la réception du prélèvement. Les résultats sont alors envoyés de façon dématérialisée aux LVD qui en font la demande et aux directeurs des DD(ETS)PP qui se chargent d'en informer les vétérinaires et les personnes exposées.

Dans le cas de prélèvements animaux pour lesquels il est impossible d’appliquer les deux techniques de référence citées précédemment (prélèvements considérés comme non conformes car putréfiés, desséchés, formolés ou sans matière cérébrale), des analyses pourront éventuellement être mises en œuvre, suivant la qualité des prélèvements réceptionnés, en utilisant des méthodes alternatives, (techniques immunohistochimiques ou de biologie moléculaire).

Vous pouvez télécharger ici la plaquette d'information sur le diagnostic de la rage animale. (PDF - 172 Ko)

Chez l’homme
Le diagnostic post-mortem de rage humaine peut être établi dans un délai de 24 à 48 heures après réception des prélèvements. Il s’établit en utilisant les mêmes techniques que celles mises en œuvre pour le diagnostic post-mortem de la rage animale, à savoir l’immunofluorescence directe sur impressions de corne d'Ammon, de bulbe ou de cortex en utilisant un anticorps polyclonal anti-nucléocapside rabique conjugué à l’isothiocyanate de fluorescéine (FAT) et l’isolement du virus par culture cellulaire sur des neuroblastomes murins (RTCIT). Le CNRR est accrédité par le Cofrac selon le référentiel ISO 15189 depuis mars 2014 dans la section Santé Humaine (diagnostic humain, N° accréditation 8-2588), pour les deux techniques.

Le diagnostic ante-mortem de la rage humaine est basé sur la mise en évidence de l’ARN viral par une technique d’amplification et de détection en temps réel (RT-qPCR) à partir d’un minimum de 3 prélèvements de salive et d’une biopsie de peau (+/- LCS). Cette technique peut être complétée éventuellement par des techniques de RT-PCR conventionnelles. Le CNRR dispose d'amorces oligonucléotidiques permettant de détecter les différentes espèces virales du genre Lyssavirus (y compris les virus des chauves-souris européennes).

La recherche d'anticorps anti-rabiques dans le sérum et le LCS par séroneutralisation (technique Rapid Focus Fluorescent Inhibition Test ou RFFIT) et par test immuno-enzymatique (technique ELISA utilisant le kit commercial Platelia^TM Rabies II Kit, Bio-Rad), peut également être mise en œuvre, en plus des techniques décrites ci-dessus.

Les délais de réponse du diagnostic ante-mortem sont variables suivant le type d’analyse entrepris, et sont retrouvés sur la fiche récapitulative suivante. Il faut actuellement environ 5 jours pour rendre un résultat de diagnostic complet (détection d'ARN viraux dans les prélèvements biologiques type salive et biopsie de peau). Conformément à la description de notre processus analytique, le délai de rendu de résultat est compté à partir de la réception au CNR des prélèvements nécessaires à la mise en œuvre du diagnostic, soit un minimum de 3 salives prélevées de façon séquentielle et une biopsie cutanée. En l’absence de réception de l’ensemble de ces prélèvements le processus analytique ne pourra pas être mis en œuvre et les prélèvements reçus sont considérés comme non conformes pour le diagnostic de rage humaine. La mise en œuvre de la technique de titrage des anticorps antirabiques (par séroneutralisation, test RFFIT et/ou par test ELISA) impose un délai différent, respectivement  de 12 jours ou de 3 jours ouvrés. 

Ces délais de rendu de résultat sont comptés à partir de la date de réception au CNRR de l’ensemble des prélèvements nécessaires à la mise en œuvre du diagnostic.

Identification et typage des isolats de lyssavirus

Tous les isolats de lyssavirus identifiés par le CNRR font l’objet:

• du séquençage partiel ou total des gènes de la nucléoprotéine, de la glycoprotéine ou de la polymérase par séquençage de type Sanger, voire du génome viral complet par séquençage à haut débit,
• de l’analyse phylogénétique poussée permettant le typage et l’analyse spatio-temporelle de la diffusion des souches (analyses maximum likelihood, etc.).

Le typage des virus est réalisé dans un délai habituelle de 2 jours après l’établissement d’un diagnostic positif. L’analyse génétique des isolats de lyssavirus peut permettre de déterminer, pour chacun, son origine géographique et l’espèce animale à laquelle il est préférentiellement retrouvé. Les résultats de ces analyses sont l'un des critères pris en compte par les autorités de santé dans le choix de méthodes appropriées de prophylaxie sanitaire suite à la mise en évidence de cas erratiques.

Détermination de l’immunité (analyses et contrôles sérologiques)

Le titrage des anticorps rabiques est effectué chez les sujets ayant reçu une prophylaxie de post-exposition contre la rage ou ayant été vaccinés préventivement. Les anticorps antirabiques présents dans le sérum sont dosés par une technique immuno-enzymatique (ELISA) (Platelia^TM Rabies II Kit, Bio-Rad) ou par séroneutralisation sur culture cellulaire (RFFIT). Le titrage des anticorps antirabiques sériques est effectué à titre gratuit pour les agents de l'Etat (personnel des Directions des Services Vétérinaires, etc.) et dans le cadre du suivi sérologique nécessaire suite à une prophylaxie de pré et/ou de post-exposition pour certaines catégories de patients, tel que rappelé dans l’avis du Haut Conseil de Santé Publique (HCSP) du 22 février 2013, relatif à la vaccination antirabique préventive, au traitement post-exposition et au suivi sérologique des personnes régulièrement exposées au virus de la rage (voyageurs, professionnels, chiroptérologues) (disponible à l’adresse http://www.hcsp.fr/explore.cgi/avisrapportsdomaine?clefr=316). Le CNRR assure ainsi les contrôles sérologiques des chiroptérologues conformément aux recommandations du Groupe de Travail sur la prévention de la rage des chiroptères chez l’homme et à celles du Conseil Supérieur d’Hygiène Publique de France (CSHPF) (avis du CSHPF du 8 juin 2001 concernant les "Recommandations pour limiter l’exposition du public aux virus de la rage des chauves-souris" publié dans le BEH N°39 de 2001 disponible à l’adresse http://www.invs.sante.fr/beh/2001/39/index.htm et avis du CSHPF du 14 janvier 2005 concernant les "Recommandations relatives à la vaccination antirabique préventive, au traitement post-exposition et au suivi sérologique des personnes régulièrement exposées aux virus de la rage des chauves-souris en France métropolitaine" disponible à l’adresse www.hcsp.fr/explore.cgi/r_mt_140105_rage.pdf‎). Les sérums sont envoyés par des laboratoires de biologie médicale. Des titrages sont aussi effectués pour les besoins d’enquêtes menées sur les patients du Centre de traitement Antirabique (CAR) de l’Institut Pasteur. Enfin, le CNRR reçoit et analyse également des sérums dans le cadre de sa participation à des essais inter-laboratoires internationaux pour les techniques ELISA et RFFIT.

Des titrages d’anticorps chez les chauves-souris sont aussi effectués par séroneutralisation pour les besoins d’enquêtes épidémiologiques sur la circulation du virus rabique dans les colonies de chiroptères.

SURVEILLANCE

Surveillance de la rage animale en France 
Les techniques actuelles de diagnostic de la rage permettent de porter un diagnostic de certitude dans un délai de moins de 5 jours suivant la réception du prélèvement.

Centralisation et diffusion des données concernant la prophylaxie de la rage chez l’homme 
Le CNRR centralise toutes les analyses concernant les suspicions de rage humaine ainsi que les données des Centres de traitement Antirabiques (CAR) ou antennes (AAR) participant à la prophylaxie de la rage humaine. Les résultats font l’objet d’un rapport adressé à la Direction Générale de la Santé. Ils sont publiés par le CNRR tous les ans dans un bulletin épidémiologique annuel : “ Epidémiologie et Prophylaxie de la Rage Humaine en France ” (cf section Rapports d’Activité et Bulletins).

Surveillance de la rage dans le monde et contribution aux réseaux de surveillance internationaux
Le CNRR continue l’analyse comparative de nombreux isolats de virus rabique provenant du monde entier afin d’apprécier la diversité des souches et de surveiller l’apparition de variants (Nous consulter).

Alerte : chaque cas de rage diagnostiqué chez l’homme est confirmé directement à la Direction Générale de la Santé et à Santé publique France en plus des voies de déclaration habituelles (ARS). Le CNRR, par son activité de typage d’isolats étrangers, conjointement au rôle de Centre Collaborateur de l’OMS également hébergé par l’unité LyEN, participe aussi à l’activité de veille sanitaire internationale concernant la rage.

COLLECTION DE SOUCHES

Maintien et développement d’une banque d’isolats rabiques du monde entier
La collection de virus rabique du CNRR comporte actuellement plus de 2550 isolats (virus, prélèvements ou ARN) provenant d’environ 80 pays. Cette collection s’étend d’années en années. Elle permet d’établir une banque de données de séquences pour la caractérisation des isolats erratiques en France et la surveillance de la diffusion des différents virus rabiques dans le monde (Nous consulter pour obtenir un typage de souche).

Maintien et diffusion des sérums et vaccins de référence 
Les souches de virus rabique de référence (souches d’épreuve et souches vaccinales) et de sérums de référence sont à la disposition d’autres laboratoires spécialisés dans le monde (Nous consulter).

FORMATION

Le CNRR a pour mission de former les médecins responsables des Centres de traitement antirabiques en France : Listes des Centres et Antennes antirabiques

CONSEILS

Le CNRR répond quotidiennement aux nombreuses demandes émanant de personnes mordues, de médecins, de vétérinaires praticiens, de biologistes, de Centres de traitement Antirabiques ainsi que de divers responsables sanitaires départementaux.

Vous pouvez joindre le CNRR tous les jours ouvrés par mail pour une demande de conseil : cnrrage@pasteur.fr

Mis à jour le 06 juin 2023