Activités du CNR des virus des infections respiratoires (dont la grippe)

Avant tout envoi, consulter la rubrique « Envoyer un échantillon/une souche »

Toute demande au CNR n’est prise en compte que si elle est accompagnée des renseignements notamment cliniques, à mentionner sur la feuille de demande d'analyse fournie par le CNR et devant accompagner l’échantillon.

ANALYSES

Depuis la saison 2009-2010, la stratégie d’analyse prévoit en première intention la détection moléculaire par qRT-PCR sur prélèvements respiratoires :

• des virus grippaux de type A et B
• d’autres virus respiratoires : VRS, rhinovirus, metapneumovirus, virus parainfluenza…

Occasionnellement, des kits de RT-PCR commerciaux sont utilisés. Ces techniques sont complétées par l’utilisation de PCR ciblant des gènes de ménage pour s’assurer de l’absence d’inhibiteurs de PCR et évaluer la qualité des prélèvements. Le CNR-IPP dispose de transcrits synthétiques ou de plasmides quantifiés correspondant aux séquences ciblées pour calibrer et contrôler la sensibilité des qRT-PCR.

En complément, des techniques de qRT-PCR différentielle ou de pyroséquençage permettant la détection de mutations associées à une diminution de sensibilité aux antiviraux ou à des changements de tropisme sont également disponibles pour les virus influenza A.

EXPERTISES

Le CNR apporte son expertise dans les cas suivants :

• patients hospitalisés pour grippe grave
• patients en échec thérapeutique pour l’étude de l’évolution de la sensibilité des virus aux antiviraux avec analyse de prélèvements séquentiels
• cas groupés dans un service ou institution avec suspicion de diffusion nosocomiale
• échec vaccinal
• suspicion d’infection zoonotique

Toutes les techniques sont mises en œuvre pour répondre précisément à ces demandes : qRT-PCR, séquençage nouvelle génération NGS, pyroséquençage, test phénotypique de résistance aux antiviraux IC50. Elles peuvent être complétées par l’isolement viral en culture cellulaire ou sur œuf de poule embryonné pour les virus d’origine animale permettant l’analyse des isolats par test d’inhibition d’hémagglutination pour la caractérisation antigénique des virus.

En cas de besoin, le CNR dispose des techniques d’ELISA immunocapture, d’immunofluorescence indirecte, d’analyse par cytométrie en flux sur cellules infectées ou d’immunoblot pour la detection et la caractérisation des virus.

Des techniques sérologiques d’inhibition de l’hemagglutination ou de microneutralisation, dont le CNR est l'unique référent peuvent aussi être réalisées dans le cadre de prestations de service ou de participations à des projets de recherche.

CONTRIBUTION À LA SURVEILLANCE NATIONALE EN INTERFACE AVEC SANTÉ PUBLIQUE FRANCE (SpF)

Pendant la période de surveillance active, les données de la surveillance virologique issues du Réseau unique de surveillance communautaire Sentinelles et du réseau de laboratoires hospitaliers (RENAL) pour la région Nord (Institut Pasteur Paris) et la région Sud (CHU Lyon) de la métropole sont compilées par le Centre coordinateur du CNR (CNR-IPP) et transmises de façon hebdomadaire à SpF. Ces données sont ainsi mises en commun avec les données collectées par SpF (réseau OSCOUR, surveillance des cas graves, etc..). Ces données hebdomadaires sont analysées et font l’objet d’une évaluation des tendances lors d’une discussion téléphonique hebdomadaire dans la perspective de la rédaction du bulletin hebdomadaire de Santé publique France (SpF) et de la transmission des données au réseau européen (European Influenza Surveillance Network) piloté par l’ECDC.

CONTRIBUTION AUX RÉSEAUX DE SURVEILLANCE EUROPÉEN ET INTERNATIONAUX

Les CNR-IPP et CNR-HCL font partie du réseau européen EISN (European Influenza Surveillance Network) piloté par l’ECDC. Les données des CNR-IPP et CNR-HCL, relatives aux virus grippaux détectés ou isolés sont compilées par le CNR-IPP et transmises à l'ECDC via l'enregistrement hebdomadaire sur la base de données TESSy. Les CNR-IPP et CNR-HCL transmettent également des informations relatives aux caractéristiques antigéniques des virus grippaux pour contribuer au suivi de l’adéquation de la composition vaccinale au regard des virus circulants ainsi que des données génétiques et/ou phénotypiques relatives à la sensibilité des virus aux antiviraux. Les CNR-IPP et CNR-HCL participent également à la demande de l’ECDC à des réunions de travail spécifiques dont l’objectif est d’améliorer la surveillance. Les responsables sont membres du réseau européen de surveillance de la grippe et font partie du groupe de travail sur le VRS du réseau EISN/ECDC.

COLLECTIONS DE PRÉLÈVEMENTS ET SOUCHES VIRALES

Les 3 laboratoires du CNR disposent d’une collection de prélèvements biologiques humains positifs ou négatifs pour la grippe. Cette collection remonte à la saison grippale 1993-1994 représentant plus de 35.000 prélèvements (IPP), 18.000 prélèvements (HCL), environ 2500 prélèvements (IPG) et comprend les informations cliniques associées permettant des études rétrospectives si nécessaire.

Les 3 laboratoires du CNR détiennent et maintiennent une collection de souches de virus grippaux de référence d'origine nationale et internationale comprenant notamment les souches de la composition vaccinale des sous-types H1N1, H2N2, H3N2 et de type B dont les plus anciennes remontent à 1933. Une collection structurée de 72 souches virales remontant à l’année 1968 et associant les informations suivantes : titre viral en pfu/ml, caractérisation antigénique ; séquences des gènes HA, NA, M, etc… a été mise en place au CNR- IPP avec l’aide de la CRBIP.

Mis à jour le 02/07/2019