Missions du CNR des virus des infections respiratoires (dont la grippe)

Le CNR remplit des missions d’expertise sur les virus de la grippe, sur les coronavirus (dont le SARS-CoV-2) et sur le VRS ainsi que sur d’autres virus responsables de syndromes grippaux pouvant constituer des diagnostics différentiels de la grippe (virus parainfluenzae, métapneumovirus, adénovirus, rhinovirus, …).

Le CNR conserve et développe une collection de souches de virus grippaux, de VRS et de coronavirus, dont le SARS-CoV-2. Ces virus sont mis à la disposition de la communauté dans certaines conditions notamment via EvaG (lien)

Le CNR développe et diffuse les techniques de diagnostic, d’identification, de caractérisation phénotypique et génotypique des virus influenzae, du VRS, du SARS-CoV-2 ainsi que des principaux autres virus respiratoires.

Le CNR réalise la caractérisation génotypique des virus influenza, SARS-CoV-2 et VRS qui lui sont adressés. Après séquençage complet du génome viral, un classement phylogénétique est réalisé et les mutations connues de résistance aux antiviraux sont systématiquement recherchées.

Le CNR réalise aussi la caractérisation phénotypique des virus influenza, SARS-CoV-2 et RSV. Il isole les virus sur les lignées adaptées. Il développe des outils d’analyses phénotypiques (sensibilité aux antiviraux et anticorps monoclonaux, échappement vaccinal et immunitaire, transmissibilité, pathogénicité) 

Le CNR a une activité de conseil auprès de l’agence nationale de santé publique, des autorités sanitaires et aux instances d’expertise publiques (HCSP, HAS, DGS, Anses, etc.) dans le domaine de la prévention et du contrôle des infections liées aux virus grippaux, aux coronavirus, au VRS et plus largement aux virus à tropisme respiratoire responsables de syndromes grippaux

La contribution à la surveillance épidémiologique est une des missions centrales du CNR.

Il assure la détection des virus influenza, du SARS-CoV-2 et du VRS dans les prélèvements transmis par le réseau Sentinelle et collige les données virologiques transmises par le réseau des laboratoires hospitaliers (RENAL) et des laboratoires communautaires (RELAB). Ces données sont publiées en temps réel et transmises aux autorités sanitaires nationales, européennes et internationales. Elles permettent le suivi de la circulation de ces virus et l’orientation des décisions de santé publique.

Il assure la caractérisation génotypique et phénotypique des virus influenza, du SARS-CoV-2 et du VRS. Le CNR participe ainsi à l’évaluation de l’efficacité vaccinale et à l’orientation du choix de la composition vaccinale. Il transmet en effet des souches et des données au comité de sélection de la composition vaccinale influenza de l’OMS. Il fait aussi partie du réseau Covinet de l’OMS dont l’une des taches sera de produire des données pour la mise à jour de la composition vaccinale.

Il assure la caractérisation génotypique et phénotypique des virus responsables des cas sévères transmis par le réseau hospitalier aussi bien pour répondre à des questions d’expertise spécifiques que fournir des données de surveillance.

Le CNR participe à l’alerte et à la préparation de la réponse à une émergence.

Le CNR apporte une expertise sur les virus respiratoires émergents.

En particulier le CNR dispose de laboratoires de haute sécurité BSL-3 et maintient des capacités d’isolement sur des lignées cellulaires variées. Il développe et met à jour des outils de détection et de caractérisation pour des virus à potentiel zoonotique. Ces actions se font en lien avec les laboratoires en charge de la surveillance animale et environnementale.

Le CNR contribue à la surveillance virologique des coronavirus, virus de la grippe zoonotique ou autres émergences virales respiratoires (confirmation des cas possibles de coronavirus, de grippe aviaire ou d’autres émergences virales respiratoires)

Le CNR contribue à l’alerte en cas d’émergence en signalant à l’agence nationale de santé publique tout événement inhabituel (transmission à l’Homme de virus respiratoires zoonotiques, en particulier de virus influenza survenant sur le territoire national, évolution génétique significative, émergence d’une nouvelle souche, apparition de résistance aux antiviraux, formes cliniques inhabituelles, etc.) ;

Mis à jour le 23/09/2024