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En dehors de la fièvre de Lassa pour laquelle un traitement par la ribavirine peut être efficace à condition de l'initier le plus tôt possible, il n'existe pas, à ce jour, de traitement spécifique de ces infections. L’usage de cette molécule dans le cas de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo est à discuter, la balance bénéfice-risque n’ayant pas été clairement démontrée. Le traitement de ces pathologies est donc uniquement symptomatique. De plus, aucun vaccin n'est actuellement commercialisé contre ces pathologies, à l'exception d'un vaccin efficace contre le virus Junin (FH Argentine) disponible uniquement en zone d'endémie.
De fait, le seul moyen d'endiguer la progression des épidémies de FHV ou d'encéphalites à Hénipavirus reste l'isolement des patients et des personnes ayant eu un contact avec un malade. Ces mesures d'isolement sont très efficaces si elles sont mises en œuvre rapidement et de manière la plus exhaustive possible.