Activités du CNR des Bactéries anaérobies et botulisme

Avant tout envoi, consulter la rubrique  " Envoyer un échantillon/une souche "

ANALYSES

Botulisme humain

Télécharger la fiche de renseignements cliniques (PDF - 194 Ko)

• La présence de toxine botulique est recherchée dans le sérum par le test de létalité sur souris et de séroprotection à l’aide d’anticorps spécifiques.
• C. botulinum est recherché dans les selles et les aliments suspects par culture d’enrichissement et amplification génique selon un protocole développé au CNR.

EXPERTISES

Identification de souches pures

Télécharger la fiche de renseignements cliniques (PDF - 138 Ko)

• Identification des souches selon les méthodes de référence.
• Analyse par chromatographie en phase gazeuse d’environ 30 métabolites à partir d’un milieu de culture standard ou éventuellement d’un milieu additionné d’un substrat (étude d’un métabolisme particulier).
• Pour les souches toxinogènes, mise en évidence par amplification génique des gènes codant pour les différentes toxines.
• Détection de toxines par des méthodes biologiques ou immunologiques.

Recherche de toxine botulique ou de Clostridium botulinum dans les aliments

Fiche de renseignements "aliments"  (PDF - 122 Ko)

• La présence de toxine botulique est recherchée dans les aliments par le test de létalité sur souris et de séroprotection à l’aide d’anticorps spécifiques.
• La présence de Clostridium botulinum est recherchée dans les aliments après culture d’enrichissement par les test de létalité sur souris et par amplification génique selon des protocoles développés au CNR.

Botulisme animal

Fiche de renseignements cliniques (botulisme animal) (PDF - 123 Ko)

• La présence de toxine botulique est recherchée dans le sérum par le test de létalité sur souris et de séroprotection à l’aide d’anticorps spécifiques.
• C. botulinum est recherché dans les contenus intestinaux par culture d’enrichissement et amplification génique selon un protocole développé au CNR.

Recherche et dosage d’anticorps neutralisants anti toxines botuliques A ou B : (suivi de traitement par une toxine botulique).

Fiche de renseignements cliniques (PDF - 158 Ko)

Clostridoides​ difficile

Fiche de renseignement Clostridoides difficile (PDF - 102 Ko)

Afin d’assurer la surveillance de l’éventuelle dissémination de clones épidémiques sur le territoire français ainsi que celle d’autres clones émergents, le Laboratoire associé Clostridoides​ difficile réalise le typage des souches de Clostridoides difficile isolées de cas groupés ou de cas sévères.

Les missions du laboratoire associé au CNR pour Clostridoides​ difficile ainsi que les critères de signalement et d’envoi des souches de Clostridoides​ difficile pour expertise sont rappelés ici cf courrier missions CNR et signalement. 

Ce typage comporte systématiquement :

1. La confirmation du caractère toxinogène de la souche par détection des fragments A3 et B1 des toxines TcdA et TcdB - (1ère étape du toxinotypage) ;
2. La PCR ribotypage pour identifier les principaux PCR ribotypes (001, 002, 005, « 014/020/077 », 015, 017, 027, 053, « 078/126 », 106) et/ou le caractère clonal des souches envoyées;
3. Antibiogramme (érythromycine, clindamycine, moxifloxacine, métronidazole, vancomycine, tétracycline).

D’autres caractéristiques peuvent être recherchées, telles la délétion dans la séquence du gène régulateur tcdC (délétion de 18, 39 ou 54 paires de bases), les gènes de la toxine binaire CDT ou le toxinotype.

SURVEILLANCE

• Surveillance du botulisme en relation avec la Direction Générale de la Santé (DGS) et Santé Publique France (SPF)
• Surveillance de la résistance aux agents anti-microbiens, particulièrement aux agents anaérobicides (5-nitroimidazolés par test PCR).
• Expertise des souches de Clostridoides​ difficile et détection du clone épidémique de PCR-ribotype 027.

L’analyse des activités du CNR et de son laboratoire associé permet d’établir des tendances et d’en fournir les résultats aux autorités sanitaires. Un rapport détaillé des activités du CNR est ainsi fourni annuellement à la Direction Générale de la Santé (DGS) et à Santé Publique France (SPF). Il est accessible en ligne après validation par les autorités de tutelles.

COLLECTION DE SOUCHES

Le CNR dépose à la Collection de l’Institut Pasteur (CRBIP) les souches types ou d’intérêt diagnostic de bactéries anaérobies provenant soit de sa propre collection, soit d’autres collections.

COLLABORATIONS ET RÉSEAUX

National

• Avec SPF et la DGS : voir ci-dessus "Surveillance épidémiologique".
• Plus de 200 laboratoires collaborateurs* adressent régulièrement des souches et/ou des informations au CNR.
  (*) centres hospitaliers, centres médico-chirurgicaux, cliniques, laboratoires de biologie médicale, laboratoires vétérinaires départementaux, ANSES, IFREMER, etc.

Réseau des instituts Pasteur et instituts associés

Le CNR reçoit régulièrement des souches à identifier envoyées par les Instituts Pasteur du Réseau International, et accueille des jeunes chercheurs en formation pour ces Instituts.

International

Plusieurs laboratoires, Organismes ou Institutions étrangers s’adressent régulièrement au CNR pour des expertises (identifications, contrôles de caractères phénotypiques ou génotypiques), mais aussi pour confirmer des foyers de botulisme humain.
 

Mis à jour le 14 juin 2022