Une équipe de l’Institut Pasteur et leurs collègues internationaux viennent de valider une nouvelle méthode qui s’appuie sur le génome des bactéries Shigella afin de mieux les identifier et les classifier.
Les diarrhées d’origine infectieuse représentent un problème majeur de santé publique sur le plan mondial. Parmi celles-ci, la shigellose ou dysenterie bacillaire, causée par les bactéries du groupe Shigella, est responsable de la mort de 200 000 personnes par an dans le monde, en particulier des jeunes enfants. Une étude parue dans Nature Communications propose une nouvelle méthode d’identification, à la fois standardisée et plus précise que celles utilisées jusque-là.
Fréquentes dans les régions tropicales, les infections par Shigella, très contagieuses, peuvent également se déclarer en France. Chaque année, plus de 1000 cas sont confirmés par le Centre National de Référence (CNR) des E. coli, Shigella et Salmonella de l’Institut Pasteur. La shigellose est une maladie liée au « péril fécal » qui peut avoir été contractée lors d’un séjour à l’étranger mais aussi dans notre pays lors de poussées épidémiques (en milieu scolaire, familial, ou au sein de la communauté homosexuelle masculine, …). De plus, les bactéries de ce groupe sont en train de devenir résistantes à l’ensemble des antibiotiques.
Le séquençage du génome pour mieux classifier les souches
La surveillance de ces infections est donc primordiale et repose sur des laboratoires de référence. Ceux-ci confirment l’identification de ces bactéries avant de les subdiviser parmi les plus de 50 types différents de Shigella. Jusqu’à maintenant, ces laboratoires utilisaient des techniques développées il y a plus de 70 ans, tel que le sérotypage réalisé à l’aide de sérums préparés chez des lapins. Un travail, mené au sein de l’unité des Bactéries pathogènes entériques de l’Institut Pasteur, qui abrite le CNR des E. coli, Shigella et Salmonella, et dirigée par le professeur François-Xavier Weill a permis de moderniser cette surveillance. L’identification et le typage des Shigella sont dorénavant réalisés par séquençage du génome bactérien. Cette nouvelle technique standardisée a été validée sur plus de 4000 souches de référence et isolats cliniques de Shigella. Contrairement aux méthodes précédentes, cette nouvelle méthode basée sur la variation de la totalité de l’ADN bactérien permet une classification correcte ainsi qu’un typage de résolution inégalée. La comparaison des souches bactériennes n’est plus faussée par le fréquent transfert de certains gènes entre souches différentes de Shigella, comme c’était le cas jusqu’à présent avec la méthode classique. Cette méthode génomique est maintenant utilisée au CNR pour la surveillance nationale des infections à Shigella
Ces travaux ont notamment été rendus possible grâce au financement de la fondation Le Roch-Les Mousquetaires.
Cette étude entre dans le cadre de l’axe scientifique prioritaire Résistance aux agents antimicrobiens du plan stratégique 2019-2023 de l’Institut Pasteur.
Source :
Population structure analysis and laboratory monitoring of Shigella by core-genome multilocus sequence typing, Nature Communications, 27 janvier 2022
Iman Yassine1,2, Sophie Lefèvre1, Elisabeth E. Hansen1,6, Corinne Ruckly1, Isabelle Carle1, Monique Lejay-Collin1, Laëtitia Fabre1, Rayane Rafei2, Dominique Clermont3, Maria Pardos de la Gandara1, Fouad Dabboussi2, Nicholas R. Thomson4,5 & François-Xavier Weill1
1 - Institut Pasteur, Université de Paris, Unité des bactéries pathogènes entériques, Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella, Paris F-75015, France.
2 - Laboratoire Microbiologie Santé et Environnement (LMSE), Doctoral School of Sciences and Technology, Faculty of Public Health, Lebanese University, Tripoli, Lebanon.
3 - Institut Pasteur, Université de Paris, Collection de l’Institut Pasteur, F-75015 Paris, France.
4 - Wellcome Sanger Institute, Cambridge CB10 1SA, UK.
5 - London School of Hygiene and Tropical Medicine, London WC1E 7HT, UK. 6Present address: Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA.
