Inauguré ce jour à l’Institut Pasteur, le nouvel ensemble de bâtiments « Omics » réunit des équipes de recherche multidisciplinaires d’excellence et des technologies de pointe pour explorer toutes les possibilités offertes par le développement de la biologie computationnelle et ainsi renforcer les capacités à répondre aux enjeux scientifiques et sanitaires du XXIe siècle. Ce pôle d’expertise, unique en France, positionne l’Institut Pasteur comme un acteur majeur de niveau mondial capable de générer des données « massives » en santé et surtout de les analyser et d’en extraire les connaissances nécessaires à une meilleure compréhension du vivant et à l’amélioration de la santé.
La capacité à générer des données massives dans le domaine des sciences de la vie (données biologiques, cliniques, génomiques, environnementales, …) transforme profondément l’approche de la biologie et correspond à un véritable changement de paradigme ouvrant des perspectives de recherche et d’applications considérables. Ainsi est né le « big data ».
Pour analyser et exploiter cette masse de données, la biologie place désormais au cœur de sa pratique l’interdisciplinarité en faisant appel à la modélisation mathématique, aux statistiques et à l’informatique.
Fer de lance de cette révolution, l’Institut Pasteur a créé une structure unique rapprochant différents domaines d’expertise au service de la santé telle que la biologie, l’informatique, les mathématiques, les statistiques, la physique et les sciences sociales. Ce pôle a pour ambition de renforcer les synergies entre les équipes en place et d’attirer les expertises internationales autour d’équipements permettant la production et l’analyse de données de masse, afin de faire face aux nouveaux enjeux de la santé publique et de la médecine. À l’approche scientifique classique qui consiste à formuler des hypothèses puis à concevoir des expériences pour générer des données permettant de valider ou d'invalider ces hypothèses, s'ajoute maintenant l'approche inverse. En effet, l’intelligence artificielle permet d’extraire à partir de données de masse des corrélations biologiques inédites. C’est précisément la complémentarité de ces deux approches mise en œuvre par les chercheurs qui témoigne de l’originalité de l’Institut Pasteur.
Les projets phares de cette multidisciplinarité porteront notamment sur l’analyse de la propagation des épidémies, la compréhension de l’évolution des microbes et des virus et de leurs résistances aux traitements, ou encore l’exploration des données de génomique humaine pour comprendre les facteurs de prédisposition aux maladies.
UN PÔLE À DOUBLE COMPÉTENCE : SÉQUENCAGE ET BIOINFORMATIQUE
L’ensemble Omics est composé de deux bâtiments. Le bâtiment Simone Veil accueille le pôle Biomics et le bâtiment Alexandre Yersin abrite le Centre de bioinformatique, biostastistique et biologie intégrative (C3BI).
Biomics
Le pôle Biomics a pour mission de fournir un service d’expertise en séquençage à la communauté scientifique. Ce laboratoire est conforme aux exigences techniques et de sécurité les plus strictes pour répondre aux besoins technologiques et techniques des chercheurs. Ce pôle réunit 14 personnes (ingénieurs et techniciens spécialistes des technologies de séquençage des acides nucléiques, ingénieurs bio-informaticiens et statisticiens) qui auront notamment accès à 5 séquenceurs de haute technologie et à un robot très performant pour la préparation des banques de séquençage.
Ce pôle se destine à 5 activités :
- la génomique (séquençage d’ADN de microorganismes, bactéries, champignons, parasites et virus) ;
- la transcriptomique (analyse des ARN) ;
- l’épigénomique (l’analyse des modifications épigénétiques de l’ADN) ;
- le génotypage (analyse des polymorphismes génétiques chez l’homme et la souris) ;
- et la métagénomique (caractérisation des communautés de microorganismes).
C3BI – Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative
Lancé en 2015 et dirigé par Olivier Gascuel, le C3BI est une structure multidisciplinaire et transversale dédiée à l'analyse de données à grande échelle à l'Institut Pasteur. Le C3BI facilite les collaborations et les échanges autour des questions de bioinformatique. Il possède une activité de recherche méthodologique en sciences de l’information et en statistiques. En outre, il offre aux unités de recherche expérimentales de l'Institut Pasteur un panel de services variés et à la pointe de la recherche en analyse de données, par exemple à travers la participation à une plateforme européenne d’accueil d'outils bioinformatiques et de banques de données (antenne française d’Elixir).
Le C3BI est une unité mixte de recherche et de service avec le CNRS (USR 3756) composé de 13 équipes et de 174 membres pluridisciplinaires. Ce centre constitue la plateforme la mieux dotée de l’Institut Français de Bioinformatique avec plus de 50 ingénieurs de recherche.
L’espace recherche du C3BI regroupe des unités de recherche dotées de compétences allant de la modélisation mathématique à l’algorithmique en passant par la statistique et l’apprentissage automatique (« machine learning »). Les 6 groupes experts de la plateforme de bioinformatique et de biostatistiques, appelée le « Hub », accompagnent les chercheurs en leur proposant des services de collaboration, des formations et des outils afin de gérer et d’analyser leurs données. Une large part des activités de recherche du C3BI aborde entre autres l’évolution sous toutes ses formes : propagation des épidémies, évolution des microbes et de leurs résistances, adaptations et interactions des hôtes et des pathogènes…
EN BAPTISANT LES BÂTIMENTS OMICS « SIMONE VEIL » ET « ALEXANDRE YERSIN », L’INSTITUT PASTEUR REND HOMMAGE À DEUX PERSONNALITÉS MARQUANTES DE SON HISTOIRE
Simone Veil (1927-2017), « chevalier blanc » de l’Institut Pasteur
© Institut Pasteur
Le 12 juin 1975, Simone Veil, alors ministre de la Santé et de la Famille, reçoit Jacques Monod, directeur général de l’Institut Pasteur et Jean Royer, président de son conseil d’administration, pour leur annoncer que l’État va porter de 20 à 50,5 millions de francs la subvention dont bénéficie l’Institut Pasteur. Cet apport financier, considérable pour l’époque, était réellement indispensable et urgent pour permettre à l’Institut Pasteur de dépasser la grave crise financière dans laquelle il se débattait depuis plusieurs années.
Ainsi Simone Veil, au nom de l’État, a su sauvegarder l'Institut Pasteur en lui donnant les moyens de dépasser ces difficultés, tout en préservant son statut original et une certaine forme d’indépendance, conformément au choix fondateur de Louis Pasteur au moment de la création de l’Institut en 1887. Simone Veil avait compris que cette position originale, au sein de l’environnement public de la recherche française, était déterminante pour sa réussite et finalement la plus féconde pour le rayonnement scientifique de tous.
Dans les années qui suivirent, des liens étroits unirent Simone Veil, Jacques Monod et François Jacob, et son soutien à l’Institut Pasteur n’a jamais fait défaut. L’Institut va alors retrouver sa solidité et son rayonnement, avec une confiance en l’avenir renouvelée.
Alexandre Yersin (1863-1943), l’aventurier d’Indochine
Découvreur du bacille de la peste
© Institut Pasteur / Musée Pasteur
Né en Suisse, Alexandre Yersin rejoint l’Institut Pasteur à 22 ans en 1885. L’année suivante, il découvre avec Emile Roux la toxine diphtérique. Brillant scientifique, il fut également explorateur et pionnier dans de nombreux domaines.
C’est en 1890 qu’il s’embarque pour la Chine. Il ne rentrera jamais en Europe. Au Yunnan, ravagé par la peste en 1894, il isole le bacille de la peste dont le nom lui rend hommage : Yersinia pestis. Il crée en 1895 l’Institut Pasteur de Nha Trang dans l’actuel Viêt-Nam.
Il s’intéresse à l’élevage bovin pour la fabrication du sérum antipestique. Il introduit en Indochine l’arbre à caoutchouc et acclimate l’arbre à quinquina. La première récolte de latex est achetée en 1904 par Michelin. A la demande de Paul Doumer, il crée et dirige l’école de médecine de Hanoi. Bactériologie, agronomie, astrologie, tout passionnait Alexandre Yersin.
Enterré à Nha Trang au Viêt-Nam, Alexandre Yersin possède, à côté de sa tombe, un petit pagodon toujours orné de fleurs et d’encens, ce qui représente un honneur sans précédent pour un étranger.
