Objectif : comprendre l’évolution de la population virale du SARS-CoV-2 chez l’hôte au cours de la maladie, en relation avec l’infectiosité du virus et l’établissement de la réponse immunitaire humorale (par anticorps). Cette connaissance est importante pour identifier les tendances de progression de la maladie et donner des clés pour mieux gérer la prise en charge des patients et leur sortie. En outre, des données détaillées sur l’évolution de la population du virus SARS-CoV-2 en relation avec la progression de la maladie, le traitement antiviral et les sites d’excrétion virale, sont nécessaires pour mieux évaluer leur lien avec la gravité de la maladie et l’échec potentiel des traitements antiviraux.
Il s'agit notamment de comprendre la cinétique de l’excrétion du SARS-CoV-2 lors de la maladie COVID-19, en fonction de la gravité de la maladie, de l’âge et des comorbidités préexistantes (excrétion dans les voies respiratoires supérieures - du nez au larynx, et inférieures - de la trachée aux alvéoles, ou dans des sites extra-respiratoires), et aussi d’analyser la cinétique de la charge virale dans les sites respiratoires et extra-respiratoires, chez des cas confirmés selon la gravité de la maladie, les groupes d’âge et les comorbidités existantes. Il s'agit également de définir la corrélation entre l'évolution de cette charge virale et l'infectiosité et de connaître la cinétique de mise en place d'une réponse humorale neutralisante (production par l'organisme d'anticorps neutralisant le virus).