Une hépatite est une inflammation du foie causée par des substances toxiques, ou par des virus (majorité des cas). A ce jour, 5 virus provoquant une infection ciblée et une inflammation du foie ont été identifiés. Ces virus, désignés par les lettres A, B, C, D, et E, diffèrent par leur mode de transmission (féco-orale pour les virus A et E ; parentérale pour les virus B et C) et leur agressivité. 

Isolé en 1980 par l’équipe de Robert Gallo aux Etats-Unis, le virus HTLV-1 est le premier rétrovirus humain oncogène à avoir été découvert. Dans 3-8% des cas, les personnes infectées développent un cancer de type leucémie/lymphome ou une neuromyélopathie. Au moins 5 à 10 millions de personnes sont infectées par ce virus à travers le monde. Les foyers majeurs d’infection endémique pour HTLV-1 sont localisés au Sud-ouest du Japon, dans les Caraïbes, en Amérique Latine, en Afrique tropicale et dans certaines régions du Moyen-Orient et d’Australo-Mélanésie.

Le terme grippe aviaire désigne en fait plusieurs entités. Il se rapporte à l’infection d’oiseaux par un virus Influenza A (grippe A). Ces infections revêtent des formes très variées. Certains virus particuliers sont responsables d’épidémies chez la volaille domestique entrainant une très forte mortalité. Ces épisodes qualifiés antérieurement de « pestes aviaires » sont désignés sous le nom de grippe aviaire. L’infection humaine par une souche de virus influenza d’origine animale dont aviaire, est appelée grippe zoonotique. Le terme de grippe aviaire reste toutefois parfois employé pour désigner ces épisodes zoonotiques.  

Dans ce chapitre, seront traitées les grippes zoonotiques (infections humaines) causées par des virus influenza d’origine aviaire.

La grippe est une infection respiratoire contagieuse due aux virus influenza, dont la particularité est la grande variabilité génétique. C’est un enjeu de santé publique du fait des épidémies saisonnières qui touchent chaque hiver 2 à 6 millions de personnes en France, avec un excès de mortalité attribuable à la grippe d’environ 10 000 décès, principalement chez les sujets fragiles. Le risque pandémique associé à la grippe zoonotique constitue également un enjeu majeur de santé publique. En dehors des mesures d’hygiène la vaccination annuelle contre la grippe reste le moyen le plus efficace de se protéger.  

Les fièvres typhoïde et paratyphoïdes sont des maladies infectieuses potentiellement mortelles en l’absence de traitement. Ces fièvres surviennent le plus souvent dans des zones où l’hygiène est précaire et frappent principalement les pays à faible revenu ou revenu intermédiaire. En France, de 100 à 250 cas sont répertoriés chaque année chez des voyageurs ou des personnes originaires de zones d’endémie (Afrique, Asie, Amérique latine).

Escherichia coli (E. coli) est une bactérie qui réside dans le tube digestif de l’être humain et des animaux à sang chaud. La majorité des souches de E. coli sont inoffensives, quelques-unes seulement sont pathogènes pour l’humain. C’est le cas des souches de E. coli dites entérohémorragiques (ECEH). Régulièrement, des souches de ECEH sont la cause d’intoxications alimentaires via la consommation de produits animaux (viande ou produits laitiers) mal cuits ou consommés crus. Les fruits et les légumes frais, ayant été en contact avec des ECEH peuvent être également à risque. 

Le virus Ebola est responsable de fortes fièvres et d'hémorragies souvent mortelles pour l'homme. Le taux de létalité se situe entre 30 et 90% selon les épidémies et l'espèce virale. Le réservoir naturel du virus serait la chauve-souris. Le virus Ebola a été découvert en 1976, lors des deux flambées épidémiques au Soudan et en République démocratique du Congo. Depuis, une vingtaine de flambées épidémiques sont apparues en Afrique Centrale. En décembre 2013, le virus a atteint l’Afrique de l’Ouest, région qui était jusqu’alors épargnée par la maladie. En 2014, il provoque la plus grande épidémie connue jusqu’à présent. Depuis, il a réémergé à plusieurs reprises en RDC, mais aussi en Guinée en 2021. L’enjeu des recherches actuelles est de poursuivre le développement des traitements et des outils diagnostiques pour le traitement et le dépistage de la maladie.

La Diphtérie est une maladie causée par plusieurs espèces de corynebactéries du complexe diphtheriae. La diphtérie typique est une infection respiratoire qui induit des atteintes du système nerveux central,  de la gorge ou d’autres organes, entraînant la mort par asphyxie. Plus fréquentes, les infections cutanées sont souvent moins graves. Il existe un vaccin efficace, obligatoire pour les enfants et les professionnels de santé, pour lequel il est recommandé de suivre le calendrier vaccinal toute sa vie.

Considérée longtemps par erreur comme une maladie de la petite enfance, la coqueluche peut être sévère à tout âge. Cette infection bactérienne est particulièrement dramatique, voire mortelle, pour les jeunes nourrissons, non ou partiellement vaccinés, et les personnes à risque telles que les femmes enceintes et les personnes âgées. 

La cryptococcose est une infection fongique grave. Elle survient chez les patients immunodéprimés. La forme clinique la plus fréquente de cette infection est une méningo-encéphalite, fatale en l’absence de traitement.