La réponse aux infections est très variable d’un individu à l’autre. Le consortium Milieu Intérieur, coordonné par le Pr Matthew Albert (unité Immunobiologie des cellules dendritiques, Institut Pasteur/Inserm) et par le Dr Lluis Quintana-Murci (unité de Génétique évolutive humaine, Institut Pasteur/CNRS) cherche à établir les paramètres qui caractérisent le système immunitaire des individus en bonne santé et sa variabilité naturelle. Dans une étude publiée le 25 août dans Cell Reports, les chercheurs décrivent une nouvelle approche pour analyser la réponse inflammatoire au niveau de l’expression des gènes dans des échantillons de sang d’individus sains, reproduisant ainsi les conditions d’une stimulation in vivo.
Cette étude démontre de manière remarquable que la réponse immunitaire déclenchée suite à une stimulation par un agent pathogène tel qu’une bactérie, un virus ou un champignon peut être décrite et différenciée avec un nombre réduit de gènes induits par 4 cytokines (protéines clés du système immunitaire). Ainsi, seuls 44 gènes (identifiés par des techniques d’apprentissage automatique) suffisent à expliquer la variabilité présente dans les réponses immunitaires.
À l'ère où le séquençage à haut débit représente un défi en ce qui concerne l’analyse des données et les applications médicales, cette étude montre que des approches simplifiées et ciblées fournissent des solutions plus efficaces et plus facilement transférables au domaine clinique. De plus, cette étude met en évidence qu’avoir recours à des approches standardisées à chaque étape (collecte et préparation des échantillons, analyse de données) permet la production de données plus qualitatives.
L’article propose des valeurs de référence pour chaque stimulation immunitaire – reflet de la variabilité naturelle des réponses immunitaires chez l’homme. Une application en ligne a été développée pour offrir la possibilité à la communauté scientifique d’exploiter ces données et de savoir quels gènes sont impliqués selon les agents pathogènes.
Cette nouvelle approche est appliquée aux 1 000 donneurs sains de la cohorte Milieu Intérieur et permettra de comprendre comment l’âge, le sexe, l’environnement et l’architecture génétique contribuent à la variabilité des réponses immunitaires - étape nécessaire pour développer la médecine de précision.
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www.milieuinterieur.fr
www.synapse.org/milieuinterieur
Source
Standardized whole-blood transcriptional profiling enables the deconvolution of complex induced immune responses, Cell Report, 25 août 2016.
Alejandra Urrutia,1,2,10,11 Darragh Duffy,1,2,3,11 Vincent Rouilly,3 Céline Posseme,3 Raouf Djebali,3 Gabriel Illanes,3,4,5 Valentina Libri,3 Benoit Albaud,6 David Gentien,6 Barbara Piasecka,3 Milena Hasan,3 Magnus Fontes,4,7,11 Lluis Quintana-Murci,8,9,* Matthew L. Albert,1,2,3,10,12,* and Milieu Intérieur Consortium
1. Laboratory of Dendritic Cell Immunobiology, Department of Immunology, Institut Pasteur, Paris 75015, France
2. INSERM U1223, Paris 75015, France
3. Center for Translational Research, Institut Pasteur, Paris 75015, France
4. IGDA, Institut Pasteur, Paris 75015, France
5. Centro de Matematica, Facultad de Ciencias, Universidad de la Republica, 11200 Montevideo, Uruguay
6. Institut Curie, Centre de Recherche, Département de recherche translationnelle, Plateforme de Génomique, Paris 75005, France
7. Centre for Mathematical Sciences, Lund University, 221 00 Lund, Sweden
8. Laboratory of Human Evolutionary Genetics, Department of Genomes and Genetics, Institut Pasteur, Paris 75015, France
9. CNRS URA3012, Paris 75015, France
10. Department of Cancer Immunology, Genentech Inc., San Francisco, CA 94080, USA
11. Co-premier auteur
12. Contact principal
Mis à jour le 26/08/2016
