Chaque année dans le monde, trois à cinq millions de cas graves et 250 000 à 500 000 décès sont attribués à la grippe. C’est dire que la grippe “saisonnière” responsable des épidémies annuelles est loin d’être une infection banale, et encore moins bénigne. « Je ne pensais pas qu’une grippe pouvait anéantir de la sorte » témoigne une ancienne victime, « incapable de se lever de son lit » pendant six jours. L’expression “grippe carabinée” correspond bien à l’intensité des symptômes (apparition brutale d’une forte fièvre, douleurs musculaires, maux de tête, malaise général, toux sèche, gorge irritée, rhinite) qui caractérise le plus souvent l’infection.
La grippe saisonnière touche chaque année 3 à 8 % de la population française. Elle tue à elle seule environ 10000 à 15000 personnes par an en France, et aggrave l’état de santé des personnes fragiles. Par exemple, un excès de 18 300 décès (chez des personnes de plus de 65 ans dans 90% des cas) a été enregistré l’hiver 2014-2015 pendant l’épidémie, qui dura 9 semaines (de mi-janvier à mi-mars 2015) ; 2,9 millions de personnes ont consulté pour un syndrome grippal, 30000 sont allées aux urgences pour une grippe. Au-delà de leur impact sanitaire, les épidémies saisonnières de grippe ont des conséquences économiques importantes, générant dans notre pays un absentéisme de 2 à 12 millions de journées de travail selon leur ampleur.
Une grande diversité de virus
Pour contrôler ces épidémies saisonnières, des dispositifs de surveillance très élaborés aux niveaux national et mondial sont en place, faisant des virus grippaux les virus les mieux surveillés de la planète (voir entretien ci-dessous). La tâche est complexe car une multitude de virus est à l’origine de la grippe. Il en existe trois types, A, B et C en circulation chez l’homme, les types A et B étant responsables des épidémies annuelles. Pour les virus de type A, il existe une classification en sous-types déterminée par les protéines présentes à leur surface : hémagglutinine (H1 à H18) et neuraminidase (N1 à N11).
© Institut Pasteur/Marie-Christine Prévost, Plate-Forme Microscopie Ultrastructurale - Marion Desdouits et Pierre-Emmanuel Ceccaldi, unité d'Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes, Sylvie Van der Werf et Nadia Naffakh, unité de Génétique Moléculaire des Virus ARN. Colorisation Jean-Marc Panaud.
Le virus majoritairement circulant en France, au cours de la dernière épidémie de l’hiver 2016-2017, est par exemple un virus A(H3N2). Pour compliquer encore ce tableau, il existe différents variants au sein de chaque sous-type car les virus de la grippe évoluent en permanence et de nouvelles souches apparaissent sans cesse (ce qui explique pourquoi le vaccin est différent chaque année). Les virus de la grippe sont classés selon leur origine géographique et leur année d’isolement.
La souche de virus A(H3N2) entrant dans la composition du vaccin de cette saison 2017-2018 est par exemple nommée : A/Hong Kong/4801/2014 (H3N2). L’identité des souches entrant dans la composition du vaccin – au nombre de 3 en France, 4 dans d’autres pays– est établie chaque année par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) grâce aux informations qu’elle reçoit des différents pays sur les virus circulant chez eux, ce qui permet d’identifier les souches majoritaires en circulation et les nouveaux variants contre lesquels la population doit être protégée.
Le réseau mondial de surveillance des virus grippaux est incontestablement le plus structuré et le plus ancien.
L’Institut Pasteur est au cœur la surveillance de la grippe en France. Comment s’organise cette surveillance ?
Nous coordonnons le Centre national de référence de la grippe. En France métropolitaine, on s’appuie sur les 1 300 médecins généralistes du Réseau sentinelles, qui surveillent les syndromes grippaux fébriles et réalisent des prélèvements chez les malades. En moyenne, 2 000 prélèvements sont envoyés chaque année à l’Institut Pasteur pour la partie Nord de la France, et dans un laboratoire associé au CNR à Lyon pour la partie sud. On y recherche les virus grippaux et aussi systématiquement d’autres virus respiratoires importants, comme le virus respiratoire syncytial.
Nous caractérisons les virus grippaux et réalisons leur séquence génomique, pour voir comment ils évoluent et s’ils sont en adéquation avec le vaccin. En parallèle, on reçoit des données du réseau de laboratoires hospitaliers RENAL (nombre de diagnostics, nombre de détections positives…) pour toute une liste d’agents respiratoires. Cela nous permet d’avoir une vision de ce qui circule à l’hôpital et avec quel impact. Puis nous éditons chaque semaine un bulletin qui fait le point sur la grippe et d’autres infections respiratoires. Les hôpitaux nous envoient de plus des souches de virus grippaux correspondant à des cas graves ou à des échecs de traitement pour que nous évaluions leur sensibilité aux antiviraux. Cette surveillance virologique nationale est supervisée par Santé publique France qui surveille également la mortalité par grippe, le nombre de passages aux urgences, les appels à SOS médecin...
Comment ce dispositif national s’insère-t-il dans la surveillance mondiale ?
C’est un jeu de poupées russes ! Notre dispositif s’insère dans le réseau européen piloté par le Centre européen de contrôle des maladies en suède, pour l’Europe au sens strict. Lui-même fait partie du réseau “Euroflu” pour la région Europe au sens géographique, coordonné par l’OMS Europe, et qui s’intègre au réseau grippe de l’Organisation mondiale de la santé. Chaque pays fournit à un des cinq Centres OMS mondiaux (Londres, Atlanta, Melbourne, Tokyo, Pékin) une sélection de virus de la saison ayant circulé sur son territoire, pour qu’ils puissent comparer les virus circulant dans les différents pays. Nous, nous travaillons avec le Centre de Londres, et faisons en général deux envois par an. In fine, tout remonte à l’OMS et les analyses comparatives vont servir à déterminer la composition du vaccin de l’année suivante, décidée en février pour le vaccin disponible en octobre pour l’hémisphère Nord et en septembre pour le vaccin lancé en avril dans l’hémisphère sud. Bien sûr, cette organisation permet aussi de voir rapidement si un nouveau variant viral émerge ou monte en puissance, et de donner l’alerte : dès que nous observons un virus un peu particulier, qui sort de l’ordinaire, nous l’envoyons immédiatement à Londres.
Peut-on dire que les virus grippaux sont les plus surveillés de la planète ?
Le réseau mondial de surveillance des virus grippaux est incontestablement le plus structuré et le plus ancien des réseaux de veille virologique. On s’appuie d’ailleurs sur lui pour surveiller d’autres virus respiratoires émergents. C’est assez logiquement qu’on a fait appel au Réseau grippe lors de l’émergence du SRAS en 2003. En 2013 en France, c’est l’Institut Pasteur qui a confirmé deux cas du coronavirus du Moyen-Orient (MERS-CoV) dans le Nord de la France. Il n’y a pas eu de nouveaux cas depuis, mais nous analysons régulièrement des cas “possibles”. Pour en revenir à la grippe, nous avons aussi vocation à analyser les cas humains suspects de grippe aviaire, H5N1 ou H7N9, ou d’une grippe porcine présente aux États-Unis, mais les alertes sont heureusement rares.
En cas de crise sanitaire, le CNR de la grippe est épaulé par la Cellule d’intervention biologique d’urgence (CIBU) de l’Institut Pasteur, dirigée par Jean-Claude Manuguerra. Lors de la pandémie de 2009, la CIBU a été mobilisée 7 jours sur 7 de fin avril à fin août.
Notre organisation permet de voir rapidement si un nouveau variant viral émerge ou monte en puissance, et de donner l’alerte : dès que nous observons un virus un peu particulier, qui sort de l’ordinaire, nous le signalons et l’envoyons immédiatement au centre OMS de la grippe
Vincent EnoufChercheur au sein de l'unité de Génétique moléculaire des virus ARN et directeur adjoint du Centre national de référence pour la grippe à l'Institut Pasteur.© Institut Pasteur - photo François Gardy
Une couverture vaccinale en baisse
Ce vaccin ainsi renouvelé chaque année constitue le meilleur moyen de protection contre la grippe. Il est non seulement conseillé mais recommandé et remboursé pour les personnes de plus de 65 ans et les groupes à risque définis par le Haut Conseil de la santé publique (HCSP), parmi lesquels les femmes enceintes, les personnes obèses, les adultes et enfants atteints de certaines pathologies chroniques principalement cardiovasculaires et respiratoires… La grippe restant une maladie grave pour ces populations, les autorités de santé déplorent une baisse de la vaccination : « La baisse de la couverture vaccinale est inquiétante, passant à 46% en 2016-2017, contre 47% en 2015-2016 [et même 52 % en 2013-2014…] », soulignait Santé publique France (SpF) dans son bilan de la dernière épidémie saisonnière. Certaines personnes réticentes à la vaccination avancent que le vaccin n’est pas efficace. Même si l’adéquation avec les souches vaccinales n’était pas optimale cette année, il faut tout de même souligner que la majorité des virus grippaux circulant étaient couverts par le vaccin, rappelait SpF en mars 2017 tout en rappelant que la prévention de la grippe et de ses complications repose sur « la vaccination mais également sur le respect des mesures barrières (limitation des contacts avec des sujets à risque, renforcement des mesures d’hygiène...) et l’utilisation des antiviraux pour les sujets à risque. »
Une prévention aussi par l’hygiène
En complément de la vaccination, on peut donc faire barrage à la grippe par des mesures d’hygiène. Si le virus se transmet de personne à personne essentiellement par voie respiratoire, par l’intermédiaire de particules de salive et surtout d’aérosols émis lors de la toux ou des éternuements, une certaine résistance des virus grippaux dans le milieu extérieur rend possible la transmission manuportée (par le biais d’une poignée de porte par exemple). Ainsi, il est conseillé pour se protéger :
- de se laver les mains à l’eau et au savon après contact avec un malade ;
- d’éviter si possible les contacts rapprochés avec les personnes malades ;
- de nettoyer les objets couramment utilisés par lui.
Il s’agit aussi de protéger les autres quand on est soi-même touché : se couvrir la bouche quand on tousse, le nez quand on éternue, se moucher dans des mouchoirs en papier à usage unique jetés dans une poubelle recouverte d’un couvercle, et se laver les mains après tous ces gestes.
Virus de la grippe type A avec spicules hérissant la surface des virions. Microscopie electronique à transmission. Image colorisée. © Institut Pasteur/Charles Dauguet
La menace pandémique
De telles mesures préventives (vaccination, hygiène...) sont à retenir, qu’il s’agisse de limiter la diffusion de la grippe saisonnière ou… pandémique. Car la crainte de voir apparaître un virus nouveau capable de se répandre rapidement à l’échelle mondiale est permanente. Le XXe siècle a été marqué par trois grandes pandémies :
- la grippe “espagnole” (1918-1920, 40 millions de morts (voir encadré ci-dessous) ;
- la grippe asiatique (1957-1958, 1 à 1,5 million de morts)
- et la grippe de Hong Kong (1968-1969, 1 million de morts).
Et la première pandémie du XXIe siècle, due au virus de la grippe A (H1N1)pdm09 (2009-2010, 400 000 morts), heureusement moins dévastatrice qu’attendu (voir encadré ci-dessous), ne sera probablement pas la dernière.
Retour sur la pandémie de grippe “espagnole”
La fin foudroyante de l’auteur de Cyrano de Bergerac illustre bien la violence de la grippe “espagnole”, qui emporta aussi le poète français Guillaume Apollinaire ou le peintre autrichien Egon Schiele, et 40 millions d’autres personnes dans le monde (plus de 400 000 morts en France).
Cette grippe plus meurtrière que la Première Guerre mondiale se répandit en quelques mois sur la planète, touchant plus du tiers de la population mondiale entre 1918 et 1919. Elle fut baptisée “grippe espagnole” car l’Espagne, neutre en ces temps de guerre donc non concernée par le secret militaire, fut le premier pays à mentionner publiquement l’épidémie. Mais cette pandémie, la plus meurtrière de l’Histoire dans un laps de temps aussi court, prit probablement sa source en Chine avant de passer aux États-Unis, par le biais d’un bataillon américain revenant de la région de Canton vers une base de Boston. C’est dans des camps militaires américains que les premiers morts furent recensés dès février 1918. Le virus aurait muté aux Etats-Unis pour devenir plus virulent et plus mortel, puis aurait été introduit au printemps en Europe lors du débarquement des troupes américaines. Il diffusa ensuite dans le reste du monde au gré des échanges entre les métropoles européennes et leurs colonies.
Le virus A(H1N1) de 1918 (un lointain ancêtre de celui de la pandémie 2009) a pu être caractérisé dans les années 1990 par l’équipe de Jeffery Taubenberger grâce à l’analyse de tissus fixés dans la paraffine, issus des collections du service de santé de l’armée américaine, provenant de 2 soldats décédés en 1918. Puis la même équipe révéla la séquence génomique complète du virus en 2005, grâce à l’ARN viral isolé des poumons d’une femme inuit, autre victime de 1918, exhumée en Alaska du permafrost (partie profonde du sol gelée toute l’année) par le pathologiste suédois Johan Hultin. Certains éléments sont désormais mieux compris, mais on ne sait toujours pas pourquoi le virus de 1918 fut si virulent (ce qui aiderait à évaluer les risques liés à n’importe quelle souche de grippe). L’enquête scientifique n’est pas close…
« Dans les derniers jours de novembre 1918, Edmond Rostand quitta sa propriété de Cambo et se rendit à Paris pour participer à l’allégresse générale de l’armistice. Un soir il alla au théâtre Sarah Bernhardt assister à une répétition de l’Aiglon avec la grande actrice. Il prit froid dans les coulisses et rentra chez lui frissonnant et souffrant de douleurs thoraciques. Le lendemain, 30 novembre, la fièvre atteignait 41 °C. Deux jours plus tard il était mort. »
In La grippe “espagnole” en France en 1918-1919 par Jean Guénel ; Histoire des sciences médicales.
Caricature, dessin d'un "dîner mondain" pendant une épidémie de grippe, signé Henriot (fin XIXe, début XXe). © Institut Pasteur - Musée Pasteur
Pourquoi le virus H1N1 de 2009 n’a-t-il pas eu l’impact craint au départ ?
« En grande partie parce que l’immunité pré-existante vis-à-vis de ce virus était plus importante que ce qu’on pouvait penser, et fort heureusement », explique le Pr Sylvie van der Werf, responsable de l’unité de Génétique moléculaire des virus à ARN à l’Institut Pasteur. « La population était certes naïve vis-à-vis de ce nouveau virus, mais, surtout chez les personnes âgées, l’immunité n’était pas complètement nulle, car le virus A(H1N1)pdm2009 a des éléments qui dérivent du virus A(H1N1) de 1918, qui a circulé jusqu’en 1957. De plus, d’autres virus dérivés de celui de 1918 ont circulé dans la population pendant une longue période. Peu ou prou, beaucoup de monde avait été exposé à des H1N1, certes différents, mais qui ont induit une immunité conférant un certain niveau de protection contre le virus H1N1 de 2009. Personne n’avait mesuré l’ampleur de cette immunité résiduelle. Pour autant, la pandémie de 2009-2010 n’a pas été une “grippette ” comme on a pu l’entendre. Oui, l’impact a été plus faible que ce qu’on craignait, mais il s’agissait bien d’un virus au comportement pandémique, qui a provoqué des cas graves et mortels chez des jeunes dans une proportion que nous n’avions jamais vue lors des épidémies saisonnières. »
Le virus A(H1N1)pdm2009 circule toujours, mais a acquis un caractère saisonnier, et l’une de ses souches entre désormais dans la composition du vaccin annuel.
Le réservoir animal
Toutes ces pandémies ont été provoquées par des virus de type A. Ceux-ci infectent l’homme et de nombreuses espèces d’animaux dont les volailles, les porcs, les chevaux et divers autres mammifères. Des oiseaux aquatiques comme les canards sauvages servent de “réservoir” naturel pour la quasi-totalité des sous-types connus de virus de grippe A, et n’ont pas de symptômes. Ils peuvent transmettre ces virus aux volailles domestiques mais aussi aux porcs ou aux chevaux – qui souffrent alors comme l’Homme d’une maladie respiratoire. Durant ces “séjours” dans différents animaux – et souvent chez le porc, considéré comme un creuset –, les virus peuvent se rencontrer et s’échanger du matériel génétique (réassortiments).
Le génome du virus A(H1N1) pandémique de 2009 était par exemple une recombinaison inédite de gènes de virus d’oiseaux, de virus humains et de virus porcins.
La persistance des virus grippaux dans l’environnement
Combien de temps les virus de la grippe persistent-ils sur une surface lisse ? « Jusqu’à 66 jours à 4°C, 3 jours à 35°C », répond Jean-Claude Manuguerra, responsable de l’unité Environnement et risques infectieux à l’Institut Pasteur. Son équipe a testé le comportement de ces virus sur des verres de montre et étudie actuellement la persistance de virus d’oiseaux dans l’eau. « Nous effectuons des simulations au laboratoire en faisant varier la température de l’eau ou sa salinité, pour mimer les conditions naturelles des océans et mers jusqu’à celles de la Mer Morte, par exemple », explique le chercheur. « Nous avons montré que des virus d’oiseaux aquatiques peuvent se maintenir plus de 1000 jours dans de l’eau non salée à 4°C, comme celle du fond des lacs de Sibérie. Nos résultats suggèrent que l’environnement peut être un « réservoir » pour ces virus : ils pourraient persister dans des lacs en attendant la prochaine migration des oiseaux l’année suivante ». En comparant des virus plus ou moins résistants, l’équipe a travaillé à comprendre au niveau moléculaire ce qui confère ces propriétés de persistance aux virus grippaux. Le résultat principal de ces travaux a mis en évidence l’importance des deux glycoprotéines à la surface du virus, l’hémagglutinine (protéine clé pour l’entrée du virus dans une cellule) et la neuraminidase, capables à elles seules de déterminer la stabilité des virus grippaux. Les mutations fréquentes de l’hémagglutinine dans la nature modifient donc la stabilité des virus grippaux dans l’environnement et il reste à comprendre leur influence sur la transmission du virus.
Grippe aviaire et grippe porcine
De plus, certains virus déjà présents chez l’animal peuvent passer directement à l’Homme. Ainsi depuis 2003, le virus de la grippe aviaire A(H5N1), responsable d’une gigantesque “épizootie” qui a tué des millions d’oiseaux, a infecté 860 personnes dont 454 sont décédées, essentiellement en Égypte, en Indonésie et au Vietnam. Ce virus hautement pathogène pour les oiseaux pourrait acquérir par mutation la capacité de se transmettre facilement d’un individu à l’autre. Tout comme d’autres virus très surveillés comme le virus aviaire A(H7N9) qui a fait depuis 2013 plusieurs victimes humaines en Chine (1564 cas, dont 612 décès), ou un virus porcin présent aux États-Unis. Mais la prochaine pandémie viendra peut-être d’où on ne l’attend pas…
