Activités du CNR de la Peste et autres Yersinioses

ANALYSES - EXPERTISES

Yersinia autres que Y. pestis 

1. Caractérisation phénotypique

L’étude des caractères phénotypiques et biochimiques (galeries Api 20E et Api 50CH) des souches de Yersinia envoyées au CNR permet de confirmer leur appartenance au genre Yersinia puis de déterminer leur espèce.

Biotypage

S’il s’agit de Y. enterocolitica, des tests biochimiques supplémentaires sont effectués pour déterminer leur biotype

Sérotypage

Toutes les souches deYersinia pathogènes sont sérotypées grâce aux : 

• 48 antisérums spécifiques des différentes espèces de Yersinia (autres que Y. pseudotuberculosis).
• 5 antisérums spécifiques de Y. pseudotuberculosis.

Lysotypage

La lysotypie des Y. enterocolitica n’est pas systématique, elle est réservée aux souches de biosérotype 4/O:3, aux cas où des sérotypes inhabituels sont identifiés, et à des études épidémiologiques approfondies.

2. Caractérisation génotypique

Une nouvelle méthode de caractérisation a été développée au CNR. Elle remplace en routine la caractérisation phénotypique à partir du 4 décembre 2017.

Elle repose sur le séquençage du génome complet des souches suivi d’une analyse bioinformatique de cgMLST (core genome Multi Locus Sequence Typing) dont le schéma comprend 500 gènes communs aux 18 espèces de Yersinia. Pour chaque souche, un numéro d’allèle est attribué pour les 500 gènes du schéma cgMLST Yersinia. Chaque souche se voit attribué un profil allélique. La comparaison de ce profil allélique à une base de données de plus de 3000 souches de référence de toutes les espèces et sous-espèces de Yersinia permet d’obtenir l’assignation taxonomique :confirmation de l’appartenance des souches au genre Yersinia et détermination de l’espèce et éventuellement du génotype.

Il existe une correspondance entre les résultats obtenus par les 2 méthodes :

3. Interprétation des résultats

Sont potentiellement pathogènes pour l’homme:

• Toutes les Y. pseudotuberculosis, quelque soit leur sérotype ou leur génotype.
• Les Y. enterocolitica des biotypes 1B, 2, 3, 4 et 5 (en caractérisation phénotypique)
• Les Y. enterocolitica des génotypes 1B, 2/3-9a, 2/3-9b, 2/3-5a, 2/3-5b, 3-3a, 3-3b, 3-3c, 3-3d, 4 et 5 (en caractérisation génotypique)
• Potentiellement les Y. wautersii (pathogénicité encore non complètement établie).

Sont non pathogènes pour l’homme :

• Les souches de Y. enterocolitica du biotype 1A et des génotypes 1Aa et 1Ab
• Toutes les autres espèces de Yersinia.

4. Résistance aux antibiotiques

Un antibiogramme est réalisé pour toutes les souches potentiellement pathogènes dans un but de surveillance épidémiologique des yersinioses.

5. Caractérisation de souches atypiques

Elle est faite:

• A la demande de laboratoires étrangers ayant rencontré des problèmes d’identification des souches de Yersinia isolées dans leur pays.
• Lorsque des souches ne répondent pas aux critères classiques d’identification mais semblent cependant pathogènes.

Elle repose sur la caractérisation génotypique et la recherche de gènes de virulence.

6. Typage moléculaire 

Le typage moléculaire est effectué lorsque des souches pathogènes sont isolées de cas groupés afin d’identifier une potentielle source commune de contamination ou lors d'enquêtes épidémiologiques.

Pour les 2 espèces entéropathogènes (Y. enterocolitica et Y. pseudotuberculosis), le typage moléculaire repose sur une cgMLST spécifique de chaque espèce éventuellement complétée par une analyse de SNPs entre les génomes des souches étudiées.

Dans le cas particulier de Y. pestis, non seulement les souches isolées mais aussi, si besoin, les échantillons potentiellement infectés (aspiration de bubons, expectorations, sang, organes) sont analysés.

1. Diagnostic à partir d’un prélèvement

Test de diagnostic rapide

Des bandelettes pour la détection de l’antigène F1, spécifique de Y. pestis, sont disponibles et permettent de porter un diagnostic de peste en moins de 10 minutes à partir d’échantillons biologiques (aspiration de bubon, expectorations, sang lors de la phase septicémique).

PCRs

Une PCR en temps réel ciblant les gènes pla et caf1 peut être pratiquée après extraction de l’ADN d’échantillons potentiellement infectés. Cette technique permet de dépister un cas de peste dans un délai de 3 heures.

Une PCR conventionnelle ciblant les gènes pla, caf1 et inv peut être pratiquée après extraction d’ADN pour confirmer la présence d’ADN de Y. pestis dans l’échantillon. Cette technique est plus longue (5h).

Culture

L’ensemencement du prélèvement sur des milieux de culture permet en quelques jours d’isoler la souche de Y. pestis. L’identification est effectuée à l’aide des caractères culturaux et des galeries Api 20E et 50CH. La sensibilité au phage pesteux et les PCRs sont utilisées pour confirmer le diagnostic.

2. Caractérisation et typage des souches

Une fois la souche identifiée, sa sensibilité à différents antibiotiques est déterminée et son génome est séquencé.

Le typage de la souche par comparaison de génomes (analyse de SNPs) peut être effectué dans un but épidémiologique si besoin. Il repose sur une analyse de SNPs entre les génomes des souches étudiées.

3. Sérodiagnostic de la peste

Un sérodiagnostic de peste par ELISA-F1 peut également être effectué par le CNR. Cependant ce test n'est fait que lorsque le diagnostic porté semble justifié sur la base des données clinico-épidémiologiques.

SURVEILLANCE

1. Alerte

Le CNR déclenche une alerte auprès de Santé publique France (SpF) lors de la survenue de cas groupés de yersinioses entériques ou d’un seul cas confirmé d’infection à Y. pestis.

2. Réseau National de Surveillance des Yersinia entéropathogènes

A la demande de la DGS et en partenariat avec SpF, un réseau national de surveillance des Yersinia entéropathogènes (RNSY), créé et coordonné par le CNR des Yersinia a été mis en place en juin 2003.

Le RNSY est actuellement composé de 104 laboratoires de biologie médicale (60 laboratoires hospitaliers et 44 laboratoires de ville) répartis sur l’ensemble de la France métropolitaine et à la Réunion.

Ce réseau constitue un maillage national de relais techniques auprès du CNR et une source de données permettant l’épidémio- surveillance des yersinioses en France.
Les missions du RNSY sont :

• de déterminer par extrapolation l’incidence annuelle des yersinioses en France.
• d’estimer les tendances temporelles et spatiales des infections.
• de mettre en place des enquêtes sur des aspects spécifiques de ces infections

Contact : Cyril Savin - Téléphone : 01 40 61 37 67

Conseils aux cliniciens et acteurs de la santé publique 

Les cliniciens, laboratoires d'analyse et acteurs de la santé publique peuvent contacter le CNR pour toute question concernant les Yersinia.

mis à jour le 07/08/2023