Les 32 instituts membres du Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), partenaires et associés dans des collaborations en matière de recherche scientifique, de services de santé publique et de formation, adhèrent au Réseau sur la base du volontariat. Ces instituts ont signé l'accord de collaboration du Réseau international des instituts Pasteur. Ainsi, une charte des valeurs pasteuriennes a été adoptée par l’ensemble des membres du réseau
Présent sur les cinq continents, les chercheurs du Réseau International des Instituts Pasteur, des hommes et des femmes de cultures différentes, sont unis par la même culture pasteurienne, la même rigueur scientifique et les mêmes valeurs.
Le conseil des directeurs du Réseau International, décide de l’admission des instituts dans le réseau. Il est composé des directeurs de chacun des instituts membres, est présidé par le directeur général de l’Institut Pasteur à Paris. Il se réunit une à deux fois par an et élit douze représentants à l’Assemblée de l’Institut Pasteur. Au cours de ce conseil, les directeurs élaborent et valident les axes majeurs du développement du réseau international et ses modalités.
L'Association Pasteur International Network, créée en 2011 sous le régime de la loi 1901 française, est l'entité légale du Réseau International des Instituts Pasteur. Ses membres sont les instituts du Réseau International. L'Association, présidée par l'Institut Pasteur via son directeur général, a deux instances de gouvernance :
- Une assemblée générale, regroupant tous les instituts membres
- Un conseil d'administration, constitué de 12 membres : 5 représentants des instituts membres, élus par région (Afrique - Océan Indien, Amériques, Asie - Pacifique, Europe, Maghreb - Iran) ; 5 représentants de l'Institut Pasteur et deux membres externes cooptés.
Sur ces fonds, elle gère notamment les cours internationaux (une quinzaine de cours par an, organisés dans les instituts du Réseau), l’organisation de réunions régionales, permettant de favoriser les rencontres entre chercheurs et la mise en place de nouveaux projets scientifiques de coopération internationale. En outre, elle développe plusieurs actions visant à renforcer le rôle et la visibilité du Réseau dans le panorama de la recherche en santé dans le monde.
A ce titre elle a en 2016, été reconnue comme organisation en "relations officielles" avec l'Organisation mondiale de la santé, soulignant le rôle du Réseau International des Instituts Pasteur dans la santé publique du globe.
La coordination des activités communes, la participation aux conseils d’administration et conseils scientifiques des Instituts membres du Réseau International sont assurées en lien étroit avec la Direction internationale. Celle-ci gère également les financements et personnels mis à la disposition de certains instituts par l’Institut Pasteur à Paris avec le soutien du Ministère des Affaires étrangères et du développement international ainsi que du Ministère de l’Enseignement supérieur et de la recherche.