Lancé à l’initiative de Medicen en 2021, le projet Phoenix réunit l’Institut Pasteur, le laboratoire Roche, et l’hôpital Foch avec l’objectif de standardiser les pratiques de production et de partage de données, pour favoriser leur valorisation et la mise en place de partenariats.
La réflexion menée par ces quatre acteurs, accompagnés du cabinet Veltys, a conduit à la publication d’un livre blanc intitulé « Concevoir et déployer des guichets pour favoriser et accélérer les accords de partage de données de santé » en septembre 2022.
Le challenge AI for Health 2022 constitue la deuxième étape du projet. Lancé par la Région Île-de-France, l’Institut Pasteur, l’hôpital Foch, Medicen et Startup Inside à l’occasion de l’événement AI for Health, le 16 novembre 2022, le challenge est doté de 1 million d’euros. Date limite de candidature : 13 janvier 2023 !
Quels sont les objectifs du challenge AI for Health ?
Le défi mené avec la base de données de l’Institut Pasteur vise à mettre en évidence les facteurs génétiques et environnementaux qui expliquent la variabilité des réponses immunitaires au sein des populations pour plusieurs vaccins et infections persistantes ou récurrentes (grippe, hépatite B, mononucléose, herpès, varicelle…).
Pour l’hôpital Foch, la base de données mise à disposition des lauréats sera constituée de 50 000 patients anesthésiés entre le 01/01/2018 jusqu'au 31/12/2021. Le défi vise à identifier grâce à l’IA des facteurs prédictifs de l’augmentation de la durée de séjour et/ou de la mortalité post opératoire des patients ayant subi une anesthésie.
Les particularités de la base de données de l’Institut Pasteur
Pour ce projet, l’Institut Pasteur a fait le choix de proposer un jeu de données atypique : des données de méthylation de l’ADN générées à l’occasion du projet Milieu Intérieur. Cette étude de population, financée par l’ANR et mise en place au début des années 2010, a impliqué la participation de presque 1000 volontaires dits non-malades et a pour objectif de disséquer les interactions entre le patrimoine génétique de l’homme et son environnement et leur impact sur le système immunitaire.
Qu’est-ce que ces données de méthylation de l’ADN ?
La méthylation de l’ADN est un marqueur épigénétique qui joue un rôle essentiel dans la différenciation cellulaire – elle marque l’identité des cellules, qu’elles soient immunitaires, neuronales ou encore musculaires. De plus, la méthylation de l’ADN, contrairement à la séquence de l’ADN elle-même, change beaucoup au cours de la vie – il sert donc de biomarqueur de notre exposome. Grâce à ces informations, il est possible de déduire la composition cellulaire du sang d’un individu, son âge « biologique », s’il est fumeur régulier/occasionnel ou non-fumeur, ou encore s’il a été infecté par des virus persistants. De nombreux modèles prédictifs peuvent être développés à partir des donnés de méthylation de l’ADN. L’analyse de ces données représente un excellent défi en apprentissage supervisé, les retombées pour la santé humaine pourraient être nombreuses.
À qui s’adresse le challenge ?
Le challenge s’adresse aux TPE, PME, ETI ou aux laboratoires de recherche académiques associés à une entreprise.
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