Selon l’OMS, la résistance aux antibiotiques est une priorité de santé publique mondiale. Il est essentiel de disposer de solides réseaux de laboratoires spécialisés dans l’antibiorésistance afin d’éclairer les politiques et les efforts de lutte. Dans le cadre du projet SARA, l’Institut Pasteur a organisé une série de cours qui permettront de consolider les données sur l’antibiorésistance en Afrique.
Face à la menace de l’antibiorésistance, qui est devenue une priorité de santé publique notamment en Afrique, le projet de surveillance SARA développe, depuis juillet 2021, un réseau de laboratoires entre cinq membres du Pasteur Network et un de ses partenaires privilégié au Bénin. L’objectif est de définir une stratégie commune de surveillance de l’antibiorésistance et mener des activités de recherche sur cette thématique.
Pour ce faire, le Centre National Hospitalier Universitaire Hubert Koutoukou Maga au Bénin, le Centre Pasteur du Cameroun, l’Institut Pasteur de Bangui, l’Institut Pasteur de Dakar et l’Institut Pasteur de Madagascar initient une étude pilote, avec comme finalité la production de données de qualité sur l’antibiorésistance de pathogènes prioritaires, contribuant ainsi à aider les autorités sanitaires à ajuster les politiques pour faire face à ce problème. L’un des objectifs de ce projet est le renforcement de capacités avec la tenue d’une série de cours. Coordonné par l’équipe de Dr Sylvain Brisse, responsable de la structure « Biodiversité et épidémiologie des bactéries pathogènes » de l’Institut Pasteur à Paris, avec le support de la coordination du Pasteur Network, ce programme de formation à destination des points focaux du projet et ouvert à d’autres microbiologistes du Pasteur Network, s’est tenu en distanciel et en présentiel de février à juillet 2022.
Dr Kaotar Nayme, chargée de recherche à l’Institut Pasteur du Maroc, Dr Lala Rafetrarivony, coordinatrice de la 1e composante du projet SARA à l’Institut Pasteur de Madagascar et Dr Cheikh Fall, assistant de recherche en microbiologie à l’Institut Pasteur de Dakar, bénéficiaires de ces cours nous répondent.
Que vous a apporté la série de cours SARA ?
Dr Kaotar Nayme : Dû à la pandémie de Covid-19 une série de cours a été organisé en webinaire sur l’éthique, l’épidémiologie, le séquençage, la saisie des données, l’approche One Health. Cette dernière semaine de cours au mois de juin en présentiel fut l’occasion de faire des travaux pratiques et des travaux dirigés avec des intervenants de qualité portant toujours sur les thématiques que nous abordons avec SARA.
Dr Lala Rafetrarivony : Le cours en présentiel mets en exergue l’analyse génomique et la caractérisation moléculaire. Cela nous a permis de développer de nouveaux acquis car les cours ont présenté des logiciels d’analyse Open Source c’est à dire libre de droits et gratuits. C’est primordial pour nos instituts et tous les biologistes, car nous pourrons aller plus loin dans l’interprétation et l’analyse de nos résultats.
Dr Cheikh Fall : Au-delà de l’apport de connaissance, cette série de cours a permis d’harmoniser les protocoles d’analyse depuis l’échantillonnage sur le terrain, l’exploitation au laboratoire, la préparation de la biobanque, l’analyse des échantillons jusqu’au séquençage et leurs exploitations. C’est plus que des cours, c’est une belle opportunité de renforcement de capacité qui pourra être appliqué à d’autres thématiques de recherche ou d’autres pathogènes par exemple.
Que vous êtes-vous apporté mutuellement, membres du réseau SARA ?
Dr Kaotar Mayme : A l’Institut Pasteur du Maroc le pôle de microbiologie est tout petit et n’a pas d’expertise en surveillance génomique. Grâce au projet SARA, j’ai pu savoir que l’Institut Pasteur de Dakar le faisait. A présent, nous organisons un transfert de technologie et de savoir-faire afin que nous puissions installer cette technologie à l’Institut Pasteur du Maroc.
Dr Lala Rafetrarivony : En tant que coordinatrice, j’ai pu échanger avec les différents membres des instituts sur les problèmes rencontrés et les solutions apportées. Nous savons que nous pouvons nous appuyer sur les uns et les autres.
Dr Cheikh Fall : A mon sens, le réseau SARA va aller au-delà car à l’avenir nous pourrons nous épauler entre membres du réseau pour répondre à des appels d’offres sur l’antibiorésistance.
Quelle sera la suite de vos activités après ces cours au sein du projet SARA ?
Dr Kaotar Nayme : A mon retour, je compte prendre du recul sur tous ces savoirs reçus, puis j’envisage de faire des formations en interne auprès des jeunes chercheurs, des étudiants en thèse et toutes les personnes qui en auraient besoin afin de renforcer les capacités de surveillance génomique dans le département de microbiologie.
Dr Lala Rafetrarivony : Je compte approfondir mes analyses afin de faire un retour au consortium sur l’application de mes acquis. A moyen et long terme je formerai mes collègues à tous les acquis que j’ai pu apprendre lors de cette série de cours.
Dr Cheikh Fall : Pour ma part, j’aimerais mettre au point des données plus spécifiques pour le dénombrement de certaines bactéries comme Klebsiella pneumoniae qui sont très compliquées en lien avec l’équipe de Sylvain Brisse. Au-delà du projet, l’objectif est d’étendre le réseau SARA à d’autres partenaires, d’autres bactéries afin de faire grandir le réseau pour développer encore plus la surveillance de l’antibiorésistance.
