Activités de la CIBU

Avant tout envoi, consulter la rubrique « Envoyer un échantillon/un isolat »

Toute demande de diagnostic adressée à la CIBU ne sera prise en compte que si cette dernière est accompagnée de la fiche de renseignement spécifique dûment remplie, incluant en particulier les renseignements cliniques (fiche disponible en téléchargement en bas de cette page). Cette fiche doit impérativement accompagner les échantillons lors de leur expédition.

Analyses

La liste et le descriptif des analyses de diagnostic bactériologique ou virologique proposées par la CIBU sont consultables dans le document « Liste des analyses diagnostiques » en bas de page.

Expertises 

Techniques utilisées

• PCR en point final et (RT-)PCR quantitative en temps réel (appareils CFX, OPUS, DX et MyGo PRO).
• Séquençage Sanger et de nouvelle génération (Illumina, ONT MinION).
• Culture sur milieux (bactéries) ou lignées cellulaires (virus), analyses macroscopiques
• Sérologie multiplex (technologie xMap) pour les arboviroses, fièvres hémorragiques virales et infections virales zoonotiques.
• Microscopie électronique

Activités d’expertise du PIB :

La particularité du PIB est l’identification des bactéries considérées comme « difficiles », notamment en termes d’isolement, de culture ou d’identification. Ces bactéries, hors du commun, ont fait l’objet de collaborations scientifiques nationales et internationales. (publications)

Le PIB reçoit des souches bactériennes et des prélèvements d’origines humaine, animale, environnementale et industrielle. (Voir la liste des analyses réalisées à la CIBU et fiche de de renseignements en bas de cette page)

Nous travaillons en laboratoire de sécurité de niveau 2 (P2) et 3 (P3) selon les besoins.

Depuis 2000, le PIB a identifié plus de 7000 souches bactériennes appartenant à plus de 280 genres bactériens différents.

Chaque résultat d’identification moléculaire est accompagné d’une bibliographie spécifique de l’espèce identifiée.

Le nom de chaque espèce bactérienne suit la nomenclature internationale en vigueur, disponible sur internet dans la « List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature » (http://www.bacterio.net).

Activités d’expertise du PIV :

• Investigation de cas cliniques particuliers, à la demande de partenaires comme certaines ONG (MSF, …).
• Surveillance, diagnostic et diffusion des connaissances.
• Aide à la mise en place des techniques de diagnostics biologiques dans les laboratoires : sérologie multiplex, PCR en temps réel, culture.
• Surveillance et recherche de pathogènes dans des populations animales.
• Interventions de terrain, déploiement de laboratoire mobile.

Activités d’expertise du PGP :

• Caractérisation génétique d’agents pathogènes d’intérêt en santé publique.
• Etude de la diversité génétique des agents pathogènes.
• Identification d’agents pathogènes infectieux dans des échantillons cliniques par métagénomique (avec ou sans apriori).
• Intervention sur le terrain, déploiement de laboratoire mobile.

Collection d’isolats cliniques

Le PIB conserve tous les isolats cliniques reçus et possède une souchothèque de plus de 7000 isolats. Ils sont stockés à -80°C.

Formation

• Cours Pasteur de virologie systématique.
• Ateliers et formations sur la biosécurité, le diagnostic et le séquençage.
• Interventions dans des formations universitaires et techniques.

Collaborations et réseaux

Au niveau national

• Avec la DGS.
• Avec le Réseau National des Laboratoires Biotox-Piratox-Piratome (RNL B2P).
• Avec les Centres Nationaux de Référence.

Au niveau international

• Avec le Pasteur Network regroupant les différents Instituts Pasteur à l’international : la CIBU reçoit des isolats à identifier, réalise des formations et transferts de technologie, et accueille des jeunes chercheurs.
• Avec le GOARN (Global Outbreak Alert and Response Network) coordonné par l'OMS (Organisation Mondiale de la Santé).
• Avec le réseau européen des maladies virales émergeantes EVD-Labnet.
• Avec le réseau des laboratoires du groupe d'action pour la sécurité sanitaire mondiale (GHSAG-LN).

Activités de recherche de la CIBU

L'Unité de recherche et d'expertise Environnement et Risques Infectieux (ERI) comprend les 3 pôles de la CIBU (PIB, PIV et PGP), le groupe Arbovirus (qui travaille sur les virus transmis par les arthropodes avec un intérêt pour ceux émergents ou ré-émergents) ainsi que le CNR des Hantavirus.

Nos projets de recherche s’articulent autour de 3 thématiques principales :

• L’étude des agents pathogènes pour l’homme dans l’environnement (résistance, persistance, etc.).
• L’études des agents pathogènes pour l’homme au sein des réservoirs animaux, notamment chauves-souris, rongeurs et autres micromammifères (détection, caractérisation, mécanismes d’infection, etc.).
• La mise au point de nouveaux outils de détection et de caractérisation des pathogènes et des virus émergents.

Site de l'unité de recherche Environnement et risques infectieux

Publications