Coronavirus SARS-CoV-2 : retour sur trois mois de mobilisation contre une maladie émergente (Covid-19)
Le 31 décembre 2019, le bureau chinois de l’Organisation mondiale de la santé est informé de cas groupés de pneumonies de cause inconnue, détectés dans la ville de Wuhan, province du Hubei (Chine). C’est le début officiel d’une épidémie qui devient rapidement mondiale. Dès le mois de janvier, un groupe d’action est mis en place à l’Institut Pasteur, et des projets de recherche sont rapidement lancés. Retour sur trois mois intenses.
En préambule, selon certaines sources s’exprimant fin mars 2020, la date d’apparition des premiers cas de pneumonie de cause inconnue en Chine pourrait être remise en question. Toutefois, au 31 mars 2020, voici le déroulé connu des événements. Les médecins chinois n’auraient réalisé qu’ils étaient confrontés à une nouvelle maladie que fin décembre.
Du 31 décembre 2019 au 3 janvier 2020, 44 patients atteints de cette pneumonie de cause inconnue, sont successivement signalés à l’Organisation mondiale de la santé (OMS) par les autorités chinoises. L’agent pathogène à l’origine de cette nouvelle maladie n’est toujours pas identifié. (source OMS)
Covid-19, une maladie causant parfois peu ou pas de manifestations cliniques
Début janvier 2020, la maladie émergente en Chine est totalement inconnue. Baptisée plus tard Covid-19 (pour Coronavirus Disease 2019, ou maladie à coronavirus apparue en 2019), on découvre progressivement au cours des mois de février et mars 2020 que ses manifestations cliniques sont compliquées à observer chez les patients. A titre d’exemple :
- La durée de l’incubation est en moyenne de 5 jours, avec des extrêmes de 2 à 12 jours.
- L’installation des symptômes se fait progressivement sur plusieurs jours, contrairement à la grippe qui débute brutalement.
- Les premiers symptômes sont peu spécifiques : maux de tête, douleurs musculaires, fatigue. La fièvre et les signes respiratoires arrivent secondairement, souvent deux ou trois jours après les premiers symptômes.
- Des études observationnelles (comme celle menée chez les passagers du bateau de croisière Diamond Princess, voir « 13 février 2020 ») et des travaux de modélisation ont montré depuis que l’infection peut être asymptomatique ou paucisymptomatique (entrainer pas ou peu de manifestations cliniques)…
- Il s’écoule en moyenne une semaine entre l’apparition des premiers symptômes et l’admission à l’hôpital à la phase d’état de la maladie.
Plus d’infos sur la fiche maladie Covid-19 de l’Institut Pasteur
Le 7 janvier 2020, les autorités chinoises identifient un nouveau type de coronavirus, qui a été isolé.
Les 11 et 12 janvier 2020, l’OMS apprend des autorités chinoises que l’épidémie est associée à des expositions dans un marché de produits de la mer de la ville de Wuhan.
Le 12 janvier 2020, la Chine partage la séquence génétique du nouveau coronavirus afin que les pays l’utilisent pour développer des kits de diagnostic spécifiques.
Le 13 janvier 2020, les autorités sanitaires thaïlandaises signalent le premier cas importé d'un nouveau coronavirus confirmé en laboratoire (appelé alors 2019-nCoV) de Wuhan, province du Hubei, en Chine.
Le 15 janvier 2020, les autorités sanitaires japonaises signalent des cas importés de nouveau coronavirus confirmé en laboratoire (2019-nCoV) de Wuhan, province du Hubei, Chine.
(source OMS)
La vigilance est de mise en France
L’Institut Pasteur abrite le Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires (dont la grippe). Dans le cadre des missions définies par l’arrêté du 7 mars 2017 (fixant les modalités de désignation et les missions des CNR), le CNR des virus des infections respiratoires « est désigné par le ministère en charge de la santé, et plus particulièrement par la direction générale de la santé et par Santé publique France, pour apporter une expertise sur les principaux virus respiratoires responsables de syndromes grippaux pouvant constituer des diagnostics différentiels de la grippe. » (source : pasteur.fr)
« Il pourrait y avoir sans doute une contamination interhumaine, donc nous pouvons envisager la survenue potentielle d’une épidémie. »
Vincent Enouf, responsable adjoint du Centre national de référence des virus des infections respiratoires à l’Institut Pasteur, le 19 janvier 2020.
(source : Journal de la Recherche).
Le 20 janvier 2020, les autorités sanitaires de Corée du Sud signalent le premier cas de nouveau coronavirus en République de Corée. A cette date, l’OMS dénombre 282 cas confirmés de 2019-nCoV signalés par quatre pays dont la Chine (278 cas), la Thaïlande (2 cas), le Japon (1 cas) et la République de Corée (1 cas). (source OMS)
Dès le 20 janvier, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) répertorie quotidiennement tous les cas confirmés d’infection à ce nouveau coronavirus, qui lui sont signalés (voir tous les rapports de situation). La situation internationale est suivie avec attention par les autorités sanitaires françaises et un point régulier est fait afin de partager l’analyse de risque avec l’ensemble des acteurs nationaux. Un point épidémiologique est publié régulièrement sur le site de Santé publique France.
D’après Santé publique France, deux types de cas sont à distinguer : les cas possibles et les cas confirmés. Les premiers concernent les personnes présentant des signes cliniques selon les différentes possibilités d’exposition établies par les autorités sanitaires (séjour récent en Chine, contact étroit ou proximité avec un cas confirmé, itinéraire similaire à celui d’un cas confirmé, …). Les seconds, les cas confirmés, sont les cas possibles sur lesquels l’analyse d’un prélèvement confirme l’infection par le SARS-CoV-2.
Le 21 janvier 2020 à la mi-journée, la Chine annonce trois nouvelles victimes du coronavirus 2019 n-CoV, portant le bilan à six morts. (source OMS)
L’épidémie actuelle de coronavirus rappelle celle du SRAS en 2003 : « Il s’agissait de pneumopathies probablement plus sévères que ce que l’on voit aujourd’hui avec ce virus. Il est difficile de savoir encore aujourd’hui quelle efficacité aura la transmission interhumaine et donc à quelle vitesse l’épidémie va progresser », a indiqué Arnaud Fontanet, responsable de l’unité Epidémiologie des maladies émergentes à l’Institut Pasteur, dans une interview sur Europe 1, le 21 janvier 2020. (source : Journal de la Recherche).
Le 23 janvier 2020, on dénombre 17 morts en Chine. Les victimes sont pour l’instant des personnes âgées et/ou avec des comorbidités associées. L'OMS indique : « La source initiale de ce nouveau coronavirus 2019-nCoV reste inconnue. Cependant, il est clair que l’épidémie croissante n’est plus due à des expositions continues sur le marché des fruits de mer de Huanan à Wuhan ; comme au cours de la dernière semaine, moins de 15% des nouveaux cas ont déclaré avoir visité le marché de Huanan. Il y a maintenant davantage de preuves que le coronavirus se propage d’humain à humain et également à travers des générations de cas ». (source OMS)
Un groupe d’action est mis en place à l’Institut Pasteur
Dès le 23 janvier 2020, les 11 millions d’habitants de la ville de Wuhan (Chine), berceau de la Covid-19, sont confinés.
Le 23 janvier aussi, une Task Force est également mise en place à l’Institut Pasteur pour répondre à l’urgence de cette crise sanitaire. Ce groupe d’action et de recherche mobilise les experts de l’Institut Pasteur sur différents domaines de recherche :
- La connaissance du virus et de sa pathogenèse ;
- Le développement de nouveaux outils diagnostiques et la recherche d’anticorps pouvant avoir une application thérapeutique ;
- Le développement de vaccins ;
- L’épidémiologie et la modélisation pour mettre en place des stratégies de contrôle de l’épidémie.
L’Institut Pasteur séquence le génome complet du nouveau coronavirus
Vendredi 24 janvier 2020. La détection du virus, confirmée en France.
Dès le vendredi 24 janvier 2020. Le séquençage du génome du virus à l’Institut Pasteur.
Jeudi 30 janvier 2020. Le séquençage complet est établi puis partagé par l’Institut Pasteur, sur la plateforme du Global initiative on sharing all influenza data (GISAID), initialement développée pour le partage des séquences et le suivi de l’évolution génétique des virus grippaux. Un onglet spécial "coronavirus" a été créé pour que la communauté scientifique collabore et avance plus vite.
Source : communiqué de presse « séquençage du le génome complet du coronavirus »
« La séquence du génome des pathogènes est cruciale pour développer des tests de diagnostic spécifiques et identifier les options d’intervention potentielles. »
Sylvie van der Werf, responsable du Centre national de référence (CNR) virus des infections respiratoires à l’Institut Pasteur, le 30 janvier 2020.
(source : espace presse).
Séquence complète du coronavirus 2019-nCoV, chez un des premiers cas français, réalisée à l'Institut Pasteur, à l'aide de la Plateforme de microbiologie mutualisée (P2M), ouverte à tous les Centres nationaux de référence (CNR). Crédit : Institut Pasteur / CNR des virus des infections respiratoires.
La Plateforme de microbiologie mutualisée (P2M), haute performance, est également ouverte aux CNR externes
Ouverte au séquençage pour des CNR externes, P2M a interagi en 2019 avec 4 CNR non pasteuriens. La plateforme séquence bactéries, virus, parasites et champignons. L’expérience acquise au cours de cinq ans d’activité (depuis 2015) vaut aujourd’hui un très haut niveau de performance, comme l’a montré l’indicateur de taux de réussite au premier « passage » (c’est-à-dire d’obtention d’une séquence de qualité pour une information complète sur le génome) qui s’est élevé à plus de 95 % en 2019. Le délai de production des séquences va de trois jours (urgences) à dix jours maximum.
En 2019, P2M a séquencé environ 25 000 pathogènes. La technique du séquençage génomique augmente le seuil de sensibilité pour la détection des épidémies. En identifiant une épidémie précocement (cas regroupés dans le temps, causés par un même type de pathogène), l’Institut Pasteur permet de mobiliser rapidement les épidémiologistes qui prennent le relais pour en déterminer l’origine, et les autorités qui coordonnent la réponse de santé publique.
L’Institut Pasteur annonce officiellement l'isolement des souches du nouveau coronavirus détecté en France
En parallèle du séquençage complet du génome du coronavirus, l’Institut Pasteur a poursuivi son travail sur les échantillons prélevés sur les premiers cas confirmés.
Lundi 27 janvier 2020, matin, la qualité du prélèvement initial a permis l’isolement rapide du nouveau virus en culture cellulaire. Désormais, les chercheurs de l’Institut Pasteur disposent du virus à l’origine de cette infection. Cet isolement viral ouvre la voie à de nouvelles approches diagnostique, thérapeutique et prophylactique. (source : communiqué de presse « isolement des souches » de l’Institut Pasteur - 31 janvier 2020).
« A l’aide des méthodes de détection, nous avions repéré une charge virale importante dans les échantillons prélevés chez les patients hospitalisés à Paris, ce qui nous a permis d’identifier ceux à mettre en culture en priorité »
Sylvie Behillil, responsable adjointe du CNR à l’Institut Pasteur, le 31 janvier 2020.
(source : espace presse)
Début février, l’épidémie poursuit sa progression en Chine, des villes entières voire des régions sont confinées.
Le 2 février 2020, premier décès officiel hors de Chine, aux Philippines. (source OMS)
Le 5 février 2020, plus de 3 700 passagers et personnels de bord du paquebot de croisière Diamond Princess sont mis en quarantaine, dans le port de Yokohama au Japon, après qu’un passager de 80 ans, débarqué du bateau à Hongkong le 1er février, a été testé positif.
Le 11 février 2020, sur sa page Updates on Diamond Princess, le site web du Diamond Princess annonce 174 malades de Covid-19, causé par le SARS-CoV-2.
Le 13 février 2020, 46 997 cas confirmés, selon l’OMS, et 1368 décès (254 décès dans les dernières 24 heures). En dehors de Chine, 447 cas sont alors confirmés dans 24 pays, et 1 décès est déploré.
Le vendredi 14 février 2020, Stewart Cole, directeur général de l’Institut Pasteur (Paris) a accueilli son Excellence M. LU Shaye, Ambassadeur de Chine en France, qui a souhaité rendre visite à l’Institut Pasteur afin de faire part de son soutien et de celui de son pays à l’Institut Pasteur en réponse à l’épidémie du nouveau coronavirus. (Lire l’article sur le Journal de la Recherche).
Le 19 février 2020, un processus de fin de quarantaine et de débarquement commence pour les passagers du Diamond Princess. Sur la base des informations fournies par les ambassades à leurs citoyens, ces derniers ont alors besoin de 14 jours supplémentaires de quarantaine à leur arrivée dans leur pays d’origine (source : Updates on Diamond Princess). Au final, à bord du Diamond Princess, près de 700 passagers auront été contaminés et 7 d’entre eux sont plus tard décédés.
Ce que l’on savait du coronavirus (Covid-19), le 20 février
Entre le 17 et le 24 février 2020, l’Église évangéliste de la Porte ouverte chrétienne organise son grand rassemblement annuel. « Au moment du rassemblement, fin février, l’épidémie paraît encore sous contrôle. Une seule victime a été recensée en France, et aucun geste barrière n’est alors recommandé, témoigne un fidèle lui-même contaminé », lit-on sur le site France Info TV. Considéré depuis comme l’un des points de départ de la propagation de Covid-19 dans la région Grand Est, puis dans le reste de la France, ce rassemblement aurait entraîné la contamination de 2 500 fidèles.
Autour du 20 février 2020, l’épidémie fait son apparition en Italie. Elle progresse assez rapidement ensuite. Au 22 février, l’OMS dénombre : 9 cas confirmés (source OMS). Au 23 février : 76 cas confirmés (source OMS). Au 28 février : 65 cas confirmés (source OMS). Au 1er mars : 1128 cas confirmés (source OMS).
Au cours du week-end du 22-23 février 2020, et après une flambée épidémique en Chine en janvier-février, la situation épidémique a évolué au niveau mondial. Avec l’intensification des foyers en Corée du Sud, au Japon, et à Singapour, et l’apparition de nouveaux foyers en Iran et en Italie. Dans ces pays, on assiste alors à une diffusion communautaire, sans lien identifié avec des cas importés de Chine.
Elévation du risque de propagation et d’impact de Covid-19 par l'OMS
Le 28 février 2020, l’OMS a augmenté l’évaluation du risque de propagation et d’impact de Covid-19 de « élevé » à « très élevé » au niveau mondial. (source OMS)
Les gestes barrières sont efficaces :
- Se laver les mains régulièrement (eau + savon) ou utilisez une solution hydroalcoolique.
- Tousser ou éternuer dans votre coude, ou dans un mouchoir.
- Utiliser des mouchoirs à usage unique (et les jeter à la poubelle après le premier usage).
- Saluer sans serrer la main, sans embrassades.
- Conserver une distance d'au moins 1,5 mètre avec tout interlocuteur.
Par ailleurs :
- S'abstenir de toute sortie non indispensable dans un lieu public.
- Ne participer à aucun regroupement, qu'il soit de nature professionnelle, sociale ou familiale.
- Eviter tout contact avec des personnes vulnérables (personnes âgeés...).
- Eviter de fréquenter de lieux où se trouvent des personnes fragiles (hôpitaux, maternités, structures d'hébergement pour personnes âgées...).
Gouvernement.fr
Le 4 mars 2020, l’OMS souligne : « Les perturbations de l’approvisionnement mondial en équipements de protection individuelle (EPI) rendent les personnels de santé mal équipés pour prendre soin des patients. L’OMS travaille avec les gouvernements, l'industrie et le réseau de la chaîne d'approvisionnement en cas de pandémie pour augmenter la production et sécuriser les allocations pour les pays gravement touchés et à risque. » (source OMS)
Au 4 mars 2020, l’OMS dénombre : 2502 cas confirmés en Italie, 212 cas confirmés en France, 196 cas confirmés en Allemagne, 151 cas confirmés en Espagne (source OMS)
Le 7 mars 2020, le nombre de cas signalés de Covid-19 dans le monde dépasse 100 000 (source OMS). Le 8 mars, plus de 100 pays signalent désormais des cas confirmés en laboratoire de Covid-19 (source OMS).
Le 10 mars 2020, tous les pays de l’Union européenne sont désormais touchés par le Covid-19.
Au 10 mars 2020, l’OMS dénombre : 9172 cas confirmés en Italie, 1402 cas confirmés en France, 1139 cas confirmés en Allemagne, 1024 cas confirmés en Espagne (source OMS)
Le 11 mars 2020, l’OMS annonce que la Covid-19 peut être qualifiée de pandémie, la première déclenchée par un coronavirus.
Le 12 mars 2020, 20 projets de recherche contre la Covid-19 sont sélectionnés par le consortium REACTing, coordonné par l’Inserm pour lutter contre l’épidémie, dont quatre à l’Institut Pasteur.
La France entre en "stade 3" d'épidémie active sur le territoire
Le 14 mars 2020, à minuit, la France entre en "stade 3" d'épidémie active sur le territoire. Pour ralentir la diffusion sur le territoire et réduire les risques de tension sur le système hospitalier pour la prise en charge des formes les plus graves, les mesures de distanciation sociale sont renforcées, avec la fermeture de tous les lieux de regroupements non indispensables (cafés, restaurants, cinémas, discothèques...). Les magasins alimentaires, pharmacies, banques, bureaux de tabac, stations-essence restent ouverts et achalandés.
Parmi les chiffres observés par les experts, le nombre de personnes hospitalisées, notamment celles hospitalisées en réanimation, devient un indicateur important de suivi de l'épidémie.
Au 14 mars 2020, l’OMS dénombre : 17660 cas confirmés en Italie, 4231 cas confirmés en Espagne, 3640 cas confirmés en France, 3062 cas confirmés en Allemagne (source OMS)
Le 16 mars 2020, la France prend des mesures pour réduire à leur plus strict minimum les contacts et les déplacements. Un dispositif de confinement est mis en place sur l’ensemble du territoire à compter du mardi 17 mars à 12h00, pour quinze jours minimum. Les déplacements sont interdits sauf dans certains cas : voir Gouvernement.fr.
Au 16 mars 2020, l’OMS dénombre : 24747 cas confirmés en Italie, 7753 cas confirmés en Espagne, 5380 cas confirmés en France, 4838 cas confirmés en Allemagne (source OMS)
Le 16 mars 2020, l’OMS dénombre presqu’autant de cas en Chine qu’hors de Chine : 165 515 cas confirmés dans le monde, dont 81 077 en Chine et 86 438 hors de Chine (dans 143 pays différents). Et 3 218 décès en Chine et 3 388 hors de Chine.
Le 19 mars 2020, Stewart Cole, directeur général de l’Institut Pasteur a accueilli le Président de la République Française, Emmanuel Macron, et la ministre chargée de la recherche, Frédérique Vidal. Cette visite a été une opportunité de rencontrer les scientifiques qui font avancer la recherche pour lutter contre cette pandémie liée au nouveau coronavirus.
Point de vue scientifique sur l’émergence du coronavirus et comment la recherche s’organise pour y faire face
Le 20 mars 2020, le Pr Sylvie van der Werf, responsable du Centre national de référence des Virus des infections respiratoires à l'Institut Pasteur, cosigne un édito sur l’émergence du coronavirus SARS-CoV-2 et comment la recherche s’organise pour faire face à l’épidémie de Covid-19. Cet article est paru dans la revue Virologie en mars 2020 (Virologie, Vol 24, supplément, mars-avril 2020).
Le 23 mars 2020, le Haut Conseil de la Santé Publique a rendu un avis relatif aux recommandations thérapeutiques dans la prise en charge de la Covid-19.
Au 23 mars, l’OMS dénombre : 59138 cas confirmés en Italie, 28572 cas confirmés en Espagne, 24774 cas confirmés en Allemagne, 15821 cas confirmés en France (source OMS)
Présentation clinique des cinq premiers cas de Covid-19 identifiés en France
Publication d’une étude, dans la revue The Lancet Infectious Diseases, portant sur les cinq premiers cas de Covid-19 identifiés en France, et en Europe, entre le 24 et le 29 janvier 2020. Cette étude est issue d'un travail collaboratif entre l’AP-HP, l’Université de Paris, l’Inserm, l’Institut Pasteur et le CHU de Bordeaux. Le suivi des cinq premiers patients diagnostiqués Covid-19 en France a permis, en dépit du nombre très limité de patients, d’identifier trois types différents de présentations cliniques.
Le 30 mars 2020, l’OMS dénombre : 82447 cas confirmés en Chine, 97689 cas confirmés en Italie, 78797 cas confirmés en Espagne, 57298 cas confirmés en Allemagne, 39642 cas confirmés en France (source OMS). Rappelons que ces chiffres correspondent aux cas confirmés d’infection à ce nouveau coronavirus (par test) ; cas qui sont signalés à l’Organisation mondiale de la santé (OMS).
Le 30 mars 2020, le gouvernement français demande l’ouverture complète des publications et données scientifiques issues de la recherche française sur la Covid-19.
Les programmes de recherche scientifique en cours à l’Institut Pasteur
Le 31 mars 2020, alors que l’épidémie se développe très rapidement en France comme dans de nombreux pays sur tous les continents, 21 programmes de recherche scientifique sont en cours de réalisation à l’Institut Pasteur. Ces programmes impliquent aujourd’hui près de 300 personnes.
Selon Santé publique France, 70478 cas confirmés en France depuis le début de l’épidémie, 51557 personnes hospitalisées dont 28891 toujours en cours. 6978 personnes actuellement hospitalisées en réanimation, et 8078 décès. (source : Santé publique France)