Recherche et extraction de motifs

• Extraction de motifs à partir d'un ensemble de séquences
• HMM (Hidden Markov Models)
• Divers

• Extraction de motifs à partir d'un ensemble de séquences

PFTOOLS

• pftools: Outils pour les profils.




CONSENSUS

• consensus: Identification de motifs consensus dans des séquences non alignées.




PRATT

• pratt: Identification de motifs dans des séquences protéiques non alignées.




SMILE

• smile: Inférence de motifs structurés dans un jeu de séquences.




EMBOSS

• prophet: Alignements avec gaps pour les profils.

• HMM (Hidden Markov Models)

  HMMER

  • hmmalign: Aligner des séquences à l'aide d'un profile HMM.
  • hmmbuild: Construit un HMM à partir d'un alignment multiple.
  • hmmconvert: Convertir un modèle en differents formats
  • hmmemit: Emet des séquences de façon probabiliste à partir d'un "profile HMM".
  • hmmfetch: Recherche de model dans une banque de profile HMM.
  • hmmscan: Recherche les HMMs matchant une séquence requète, dans une banque de HMMs.
  • hmmsearch: Recherche des séquences matchant un HMM dans une banque de séquences.

• Divers

SAPS

• saps: Statistical Analysis of Protein Sequences.




EMBOSS

• msbar: Mutations illimitées d'une séquence.
• compseq: Comptage des compositions des dimères, trimères, etc...
• shuffleseq: Mélange de séquences en maintenant la composition.
• chaos: Create a chaos game representation plot for a sequence.
• freak: Table ou courbe de fréquences de résidus/bases.