Louis Pasteur vivra dans cet appartement durant les sept dernières années de sa vie de 1888 à 1895.
Il le quitte, très affaibli, le 13 juin 1895 pour Marnes-la-Coquette, où il décède le 28 septembre de la même année.
Quelques temps après la mort de Madame Pasteur en 1910, à l’exception des meubles constitutifs et de quelques tableaux, tous les objets personnels du savant sont transportés à Versailles dans l’hôtel particulier des Vallery-Radot.
L’appartement de l’Institut Pasteur reste quasiment vide. Durant plus de vingt ans, personne n’en troublera le silence, sauf à l’occasion d’évènements exceptionnels.
Ainsi, lors de la commémoration du centenaire de la naissance de Louis Pasteur en 1922, les délégués des Nations et des Universités étrangères visitent l’appartement.
Dans le salon, flacons, ballons, microscopes ayant appartenu à Louis Pasteur sont réunis dans plusieurs vitrines. Ces objets constitueront le fonds préalable de la salle des souvenirs scientifiques, créée 15 ans plus tard.
Le docteur Roux, le docteur Legroux, le Professeur Pasteur Vallery-Radot (petit-fils de Louis Pasteur) sont de ceux qui se seront attachés à préserver ou à restituer l’environnement de cette grande figure du passé.
L’opposition formelle du docteur Roux, alors directeur général de l’Institut Pasteur jusqu’à sa mort en 1933, à une occupation quelconque des pièces, vouait déjà l’appartement à devenir un lieu-témoin.
Le 6 février 1935, le nouveau directeur général, Louis Martin, annonce au conseil d’administration la décision de Louis Pasteur Vallery-Radot de remettre à l’Institut Pasteur tous les meubles et objets ayant appartenu à ses grands-parents.
L’appartement peut alors être reconstitué avec l’aide du docteur Legroux. Seuls les 1er et 2e étages sont réaménagés. On restitue le plus fidèlement possible l’agencement originel, où certains objets, témoignages d’admiration ou de reconnaissance, évoquent les travaux de Louis Pasteur.
Le 20 mai 1936, la reconstitution est terminée. L’appartement devient alors le Musée Pasteur, dont le Dr Legroux est nommé responsable.
Le musée Pasteur est depuis lors un musée-souvenir.
A la fois musée scientifique et musée d’art, il représente également un très rare témoignage de l’art décoratif de la fin du 19e siècle.