Une étude synthétique sur l’épidémiologie des infections fongiques en France ouvre des voies de recherche pour mieux lutter contre ces maladies.
À l’Institut Pasteur, le centre national de référence (CNR) Mycoses invasives et antifongiques est chargé de la surveillance épidémiologique des infections fongiques sévères en France. Dans une récente publication parue dans la revue mBio, l’équipe du CNR synthétise plusieurs années de veille afin de fournir une vision globale des infections (septicémies, pneumonies, méningites, etc…) dues à des champignons pathogènes microscopiques. Elles sont représentées par les candidoses (due à des levures du genre Candida), les aspergilloses et les mucormycoses (dues à des moisissures environnementales), et la pneumocystose.
Entre 2012 et 2018, le CNR a recueilli des données épidémiologiques et microbiologiques sur ces principales infections fongiques. Grâce à un maillage de 21 centres hospitalo-universitaires intéressant l’ensemble du territoire, il a pu rassembler les données de près de 10 000 épisodes d’infections. Ce sont essentiellement des infections liées à l’immunodépression ou des complications liées aux soins, comme des infections nosocomiales (acquises à l’hôpital) ou iatrogènes (en conséquences du traitement d’une autre pathologie).
Une mortalité toujours élevée des infections fongiques
L’étude montre une certaine stabilité du nombre d’infections, en dehors d’une augmentation des infections mixtes à plusieurs moisissures, mais une baisse relative d’infections particulières, comme l’aspergillose. Les candidoses ne présentent qu’une augmentation modeste, essentiellement associée au vieillissement de la population. Par ailleurs, l’étude de la sensibilité aux molécules antifongiques in vitro ne montre pas d’augmentation de la résistance aux traitements chez les champignons responsables de ces infections. Plus préoccupant, la mortalité globale des patients atteints de mycoses invasives reste désespérément élevée : jusqu’à 59% pour des infections comme les mucormycoses.
Ces tendances épidémiologiques, dans l’ensemble plutôt stables, et associées à une mortalité élevée inchangée, sont observées alors que de nouveaux traitements antifongiques se sont généralisés, notamment pour les candidoses, et que de nombreuses recommandations pour la prise en charge de ces infections sont disponibles pour les soignants. Ces résultats suggèrent que certains arguments avancés pour expliquer la mortalité très élevée associée aux infections fongiques devraient être rediscutés pour orienter les recherches vers d’autres voies d’amélioration.
Cette étude entre dans le cadre de l’axe scientifique prioritaire Résistance aux agents antimicrobiens du plan stratégique 2019-2023 de l’Institut Pasteur.
Source :
Active Surveillance Program to Increase Awareness on Invasive Fungal Diseases: the French RESSIF Network (2012 to 2018), mBio, 2 mai 2022
Stéphane Bretagne1,2, Karine Sitbon1, Marie Desnos-Ollivier1, Dea Garcia-Hermoso1, Valérie Letscher-Bru3, Sophie Cassaing4, Laurence Millon5, Florent Morio6, Jean-Pierre Gangneux7, Lilia Hasseine8, LoïcFavennec9, Estelle Cateau10, Eric Bailly11, MaximeMoniot12, Julie Bonhomme13, Nicole Desbois-Nogard14, Taieb Chouaki15, André Paugam16, Bernard Bouteille17, Marc Pihet18, Frédéric Dalle19,20,
Odile Eloy21, Milène Sasso22, Magalie Demar23, Patricia Mariani-Kurkdjian24, Vincent Robert25, Olivier Lortholary1,26, Françoise Dromer1
1 - Institut Pasteur, Université Paris Cité, CNRS, Mycologie Moléculaire, Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques, UMR 2000, Paris, France
2 - Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Hôpital Saint Louis, Assistance Publique-Hôpitaux De Paris (AP-HP), Paris, France
3 - Laboratory of Parasitology and Medical Mycology, Strasbourg University Hospital, Institute of Parasitology and Tropical Diseases, UR7292 Dynamics of Host-Pathogen Interactions, Federation of Translational Medicine, University of Strasbourg, Strasbourg, France
4 - Sophie Cassaing: Department of Parasitology and Mycology, CHU Toulouse, Restore Institute, Toulouse, France
5 - Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, UMR 6249 CNRS Chrono-Environnement, University Bourgogne Franche-Comté, Besançon, France
6 - Nantes Université, CHU Nantes, Cibles et Médicaments des Infections et du Cancer, IICiMed, UR 1155, Nantes, France
7 - Univ Rennes, CHU, INSERM, Irset: Institut de Recherche en Santé, Environnement et Travail, UMR_S 1085, Rennes, France
8 - Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Nice, France
9 - EA 7510, Centre Hospitalier UC. Nicolle, Rouen, France
10 - Laboratoire de Mycologie, CHU de Poitiers, UMR CNRS 7267, Poitiers, France
11 - Laboratoire de Parasitologie-Mycologie-Médecine Tropicale, CHRU Tours, France
12 - Service de Parasitologie-Mycologie, CHU Clermont-Ferrand, 3iHP, Clermont-Ferrand, France
13 - Department of Microbiology, University Hospital of Caen, ToxEMAC-ABTE, Unicaen Normandie University, Caen, France
14 - Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU de la Martinique, Fort de France, France
15 - Mycologie-Parasitologie, CHU d'Amiens, Amiens, France
16 - Laboratoire de Mycologie, Hôpital Cochin, Paris, France
17 - Department of Parasitology and Mycology, University Hospital, Limoges, France
18 - Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU d’Angers, University Angers, University Brest, GEIHP, SFR ICAT, Angers, France
19 - University Bourgogne Franche-Comté, Agrosup Dijon, UMR PAM A 02.102, Dijon, France
20 - Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Plateforme de Biologie Hospitalo-Universitaire Gérard Mack, Dijon, France
21 - Centre Hospitalier de Versailles, Le Chesnay, France
22 - Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes, Université de Montpellier, CNRS, IRD, UMR MiVEGEC, Montpellier, France
23 - Laboratoire Hospitalo-Universitaire de Parasito-Mycologie, centre hospitalier de Cayenne Guyane, Cayenne, France
24 - CHU Robert Debré, Paris, France
25 - Bioinformatics Group, Westerdijk Fungal Biodiversity Institute, Utrecht, The Netherlands
26 - Centre for Infectious Diseases and Tropical Medicine, Hôpital Universitaire Necker-Enfants Malades, Assistance Publique, Hôpitaux de Paris, Université Paris Cité, Paris, France
